Japonya'nın idari bölümleri, 1947 Yerel Özerklik Kanunu ile tanımlanmaktadır. Japonya, 47 prefektörlüğe ve bu prefektörlüklerde prefektörlük altı bölümlere ve belediyelere ayrılmaktadır.
Tarihçe
Yerel yönetim detayları zaman içinde önemli ölçüde değişmiş olsa da 1871 yılında han sistemininMeiji hükümeti tarafından kaldırılmasından bu yana mevcut iki katmanlı sistemin temel hatları ile aynıdır. Han sisteminin kaldırılmasından önce Japonya sırasıyla vilayetlere (国 kuni), ilçelere (郡 gun) ve köylere (里/郷 sato) ayrılmaktaydı.
Prefektörlükler (都道府県 Todōfuken), Japonya'nın birinci düzey idari bölümleri olup 47 adet bulunmaktadır: 43 prefektörlük (県 ken), iki kentsel prefektörlük (府 fu, Osaka ve Kyoto), bir bölge (道 dō, Hokkaido) ve bir metropol (都 to, Tokyo). Bu adlandırmalar her ne kadar farklı olsa da her biri işlevsel olarak aynıdır.
Alt prefektörlükler (支庁 shichō), prefektörlük düzeyinin altında yerel konulara odaklanan idari bölümleridir. Alt prefektörlükler, prefektörlük yönetiminin alt şubeleri olup coğrafi olarak uzak bölgelerde hizmetlerini sunmaktadırlar ve içlerinde birçok şehir, kasaba ve köyü barındırırlar.
İlçeler (郡 gun), 1878-1921 yılları arasında prefektörlük ile belediyeler arasında idari işleve sahip bölümlerdi. Günümüzde ilçelerin siyasi veya idari bir işlevi bulunmamakta olup başta adresleme sistemi ile ilgili coğrafi bölgelerin tespiti ve yakın kasaba ve köylerin gruplandırılması için kullanılmaktadır.
Şehirler (市 shi), Japonya'nın nüfusu en az 50.000 olan ve hanelerinin en az %60'ının merkezi bir kentsel alanda kurulmuş olması ve ticaret, sanayi ve diğer kentsel mesleklerde istihdam edilmesi gereken yerel yönetim birimidir. Şehirler, kasaba ve köyler ile aynı seviyede sıralanırlar fakat ilçelere bağlı değildirler. Şehirler, normal şehirler, özel şehirler (特例市 tokureishi), çekirdek şehirler (中核市 chūkakushi) ve belirlenmiş şehirler (政令指定都市 seirei shitei toshi) olmak dört türde kategorilendirilir.