Johan Jakob Nordström föddes i Åbos svenska församling som son till svarvarmästare och gårdsägare Matts Nordström och Katarina Holmberg. Sex år gammal upplevde han Alexander I:s ockupation, vilket skulle påverka hans politiska åskådning.
År 1834 utnämndes han till professor i statsrätt och folkrätt, efter att två år tidigare ha utgivit ett par större verk, om bevisföring i brottmål under medeltiden, och ett verk om Finlands kommunallagar. Under tiden han verkade som professor, utkom han med sitt huvudverk, den 1200 sidor stora Bidrag till den svenska samhällsförfattningens historia. Verket har kritiserats för bristande källforskning, men också beundrats för de omfattande kunskaper han nedlagt i det. Verket utgjorde brytpunkt i hans karriär, då uppmärksamheten gjorde att han fick allt mindre tid till forskning och hans kunskaper efterfrågades inom statsförvaltningen och politiken.
Han sade därför upp sig från universitetet 1846, och begav sig till Sverige, där han blivit utnämnd till riksarkivarie efter Hans Järta och tillförordnad Bror Emil Hildebrand. Många finländare upplevde hans emigration som ett svek. Att han även var motståndare till den utbredda fennomanin i romantikens Finland, gjorde att han fick ytterligare ovänner. Som riksarkivarie företog han en betydande publicistisk verksamhet, och var en tid lärare i statsrätt för kronprins Karl.
Åren 1848 och 1849 utnämndes han till sekreterare vid universitetens kanslerer i Lund och Uppsala, och hade ett finger med i utformningen av universitetsstatuterna 1852. Till skillnad från exempelvis Geijer var Nordström motståndare till universitetens jurisdiktionsrätt, vilken avskaffades detta år.
Han deltog i flera statliga kommittéer och var 1854–1867 fullmäktig i Riksgäldskontoret. Det har sagts om Nordström att få eller ingen riksdagsman i den svenska historien har framlagt så många reservationer mot antagna lagar. När Frans Michael Franzén avled erbjöds Nordström hans stol i Svenska akademien, men han avböjde. År 1829 gifte han sig med Anna Kristina Synnerberg, dotter till statsrådet Erik Johan Synnerberg och Christina Charlotta von Knorring. Tillsammans fick de sonen Theodor Nordström, som sedermera blev landshövding.
Bibliografi
Om länsförfattningen i den svenska Norden intill Gustaf den förstes tid (1826)
Skildring af bevisföringsmethoderne i brottsmål, efter de gamla landskapslagarne (1823)
De municipiorum in Fennia constitutione (1832)
Bidrag till den svenska samhällsförfattningens historia, efter de äldre lagarne till sednare hälften af sjuttonde seklet (1–2, 1839–1840)
Bref om det från år 1863 hvilande förlag till ombildning af representationen af Thomas Frisk (anonymt, 1865)
^Register till Riksdagens protokoll med bihang för tiden från och med år 1867 till och med år 1899. Bd 2, Personregister, 1899, s. 337, läs online.[källa från Wikidata]