Од 1924. године био је кадровски старешина Црвене армије, а од почетка Великог отаџбинског рата био је задужен за оспособљавање резервних борачких јединица у позадини. Октобра 1942. године упућен је у активну армију и борио се на Стаљинградском, Вороњешком, Седмом и Трећем украјинском фронту. Под његовом командом, 73. гардијска стрељачка дивизија прешла је пут од Волге до средњег тока Дунава. За учешће у уништењу немачких трупа код Стаљинграда, дивизија је добила почасни назив „Стаљинградска“.
Октобра 1943. године био је контузиран, али је наставио да се бори. За ратне заслуге одликован је, 1943. године, Орденом Кутузова и Медаљом за одбрану Стаљинграда, а 1944. орденима Суворова, Богдана Хмељницког и црвене заставе.
После Београдске операције, дивизија је под његовом командом наставила борбене акције, и међу првим јединицама Трећег украјинског фронта форсирала Дунав. За изврсно руковођење борбеним акцијама 73. гардијске стрељачке дивизије приликом форсирања и проширења наступишта на десној обали Дунава, и тада показану одважност и јунаштво, указом Президијума Врховног савета Совјетског Савеза од 28. априла1945. године, генерал-мајор Семјон Антонович Козак проглашен је двоструким Херојем Совјетског Савеза.
