Место Гдиња се први пут помиње 1253. као померанско рибарско село. Од почетка 14. века овде су владали Тевтонски витезови, касније Пољска краљевина (Гдиња се налазила у Пруској), а од 1772. Пруска. У време уједињења Немачке1870, Гдинген (тадашње име Гдиње) је било рибарско и туристичко место са 1200 житеља. По Версајском уговору из 1919. Гдиња је постала део Пољске Републике. Пољска влада је 1920. одлучила да овде сагради велику луку. Лука је саграђена у периоду 1921—1923, док су проширења грађена све до 1939. Године 1938. Гдиња је била десета највећа лука Европе.
За време Другог светског рата, Немци су раселили око 50.000 пољских становника и користили Гдињу као војно-морнаричку базу.