*Ndeshjet dhe golat me klubet llogariten vetëm për ligën vendase – redaktuar më 2 Mars 2015 ‡ Ndeshjet dhe golat me ekipin kombëtar të redaktuar më 2 Mars 2015
Stojkov më parë ka luajtur me shokun e kombëtares së tij Goran Pandev te F.C. Internazionale Milano Primavera gjatë sezonit 2001–02 ku fitoi titullin e të rinjëve. Ai më pas u huazua në skuadra të niveleve të ulta në Itali për të marrë më shumë eksperiencë por dështoi të impresionojë Interin që e largoi pasi kontrata skadoi. Që nga ajo kohë ai ka luajtur në Poloni, Belgjikë, Serbi, Hungari, Zvicër, Iran dhe Shqipëri. Ai u bashkua me Partizanin Beogradit në verën e vitit 2006 duke luajtur me ta në pjesën e parë të sezonit 2006–07. Pavarësisht se nuk luajti asnjë ndeshje në ligë, ai luajti një ndeshje në Kupën Serbe.[1]
Skënderbeu
Më 12 janar 2015, Stojkov u transferua te klubi shqiptar Skënderbeu duke firmosur një kontratë një vjeçare.[2] Ai mori fanellën me numrin 77 dhe deklaroi se arsyeja se pse firmosi me Skënderbeun ishte për shkak se klubi ishte "kampion i Shqipërisë, ishte i "organizuar" dhe "i mirë".[3]
Stojkov bëri debutimin e tij me klubin më 31 janar 2015 duke luajtur në nëntë minutat e fundit si zëvëndësuesi i Dhiego Martinsit në barazimin pa gola kundër Laçit në shtëpi.[4] Dy javë më vonë ai zhvilloi ndeshjen e parë si titullar duke luajtur 75 minuta në fitoren 1–0 kundër Apolonisë, ku ishte ai që shënoi golin e fitores në minutën e 27të me një gjuajtje brënda zonës.[5] Sulmuesi lavdëroi mesfushorin Gerhard Progni që dhuroi asistin e golit, duke thënë se ishte meritë e tij.[6]
Më 8 mars, ai u tregua sërisht vendimtar për skuadrën duke shënuar golin e vetëm të fitores 0–1 kundër Flamurtarit; maqedonasi realizoi në minutën e 51të duke mposhtur portierin Klodian Xhelilaj me një parabël.[7] Kjo ishte fitorja e parë e Skënderbeut në Vlorë pas 39 vitesh.[8] Një muaj më vonë, në ndeshjen e rëndësishme kundër Partizanit, një prej rivalëve për titull, Stojkov e nisi si titullar dhe shënoi golin e katërt të skuadrës në fitoren 5–2 në shtëpi.[9]
Stojkov e mbylli sezonin me 13 paraqitje në Kategorinë Superiore dhe me tre gola, me Skënderbeun e cila u kurorëzua kampione për të pestën herë rresht, duke vendosur një rekord në futbollin shqiptar. Ai gjithashtu zhvilloi edhe katër paraqitje në Kupën e Shqipërisë, duke mos shënuar gol, me Skënderbeun që u eleminua në gjysmë-finale. Pas mbarimit të sezonit, ai dhe drejtuesit e klubit prishën kontratën.[10]
Karriera ndërkombëtare
Ai ka përfaqsuar Maqedoninë në të gjitha nivelet e moshave përpara se të debutonte me kombëtaren e parë në vitin 2002.[11]
