Narodil sa ako starší z dvoch synov Johna Locka (1606 – 1661) a Agnes Keeneovej (1597 – 1654). Spolu s bratom Thomasom trávil detstvo neďaleko Bristolu na majetkoch starého otca Nicholasa, ktorý obchodoval s tkaninami. Jeho otec pracoval na zmierovacom súde a zároveň sa živil ako správca vo vplyvnej rodine Pophamovcov. Práve vďaka dobrým stykom s Pophamovcami mohol pre svojho syna, Johna Locka, zabezpečiť miesto na Westminsterskej škole v Londýne. Nastúpil tu v roku 1647 na štúdium starovekých jazykov (hebrejčina), no so školou nebol príliš spokojný. V máji roku 1652 bol poslaný do prestížnej Christ Church College v Oxforde. Ani tunajšie kurikulum a zastarané scholastické metódy sa mu príliš nepozdávali. Začal sa sústreďovať na čítanie modernej literatúry a filozofie (René Descartes). V roku 1654 mu boli publikované jeho prvé dve práce, básneMusarum Oxoniensium Elaiophoria. Štúdium dokončil v roku 1658 (bakalársky titul získal už v roku 1656).
Hoci nemal celkom jasnú predstavu o svojej budúcnosti, začal sa zaujímať o medicínu, od ktorej pozvoľna prešiel k prírodnej filozofii. Prejavoval tiež živý záujem o modernú mechanickú filozofiu, osobne sa zoznámil s viacerými vedcami (Robert Hooke). V roku 1660 sa Locke stretol s Robertom Boylom, slávnym chemikom a zakladateľom Kráľovskej spoločnosti. Boyle mal vlastné laboratórium a sústredil okolo seba mladých vedcov, aby sa venovali novej metóde experimentu. John Locke sa stal aktívnym členom tejto skupiny a s Boylom sa stali blízkymi priateľmi.
Lockovo postavenie v Oxforde sa zatiaľ vyvíjalo pozitívnym smerom. V roku 1659 sa stal postgraduálnym študentom, v roku 1661 asistentom gréčtiny, v roku 1663 asistentom rétoriky a roku 1664 získal miesto v morálnej filozofii. Ako učiteľ mal tiež viesť hodiny venujúce sa teórii prirodzeného práva. Jeho vlastné dišputácie, ktoré si na tieto hodiny pripravil, boli neskôr publikované pod názvom Eseje o prirodzenom práve. V Oxforde bolo zvykom, že väčšinu univerzitných učiteľov tvorili duchovní. Aj na Locka začal byť vyvíjaný nátlak, aby vstúpil do cirkvi, čo však odmietol a onedlho sa vydal na cesty.
V roku 1665 sa stal tajomníkom v diplomatickej misii k brandenburskému kurfirstovi. Misia síce zostala bez úspechu, no Lockovi sa táto cesta zapáčila a do zahraničia sa vydal ešte niekoľkokrát. Po návrate do Oxfordu sa začal znovu venovať medicíne, no licenciu na vykonávanie praxe získal až v roku 1675. Napriek tomu sa medicína jeho riadnou profesiou nikdy nestala. V roku 1664 zomrel jeho brat Thomas, a hoci John s ním pravdepodobne neudržiaval bližšie vzťahy, vyplatil jeho vdove príslušiace dedičstvo. John sám nebol nikdy ženatý a nezanechal ani žiadne deti. I keď sa tešil ženskej spoločnosti a priateľstvu, žiaden vzťah sa do vážnejšej známosti nerozvinul.
Londýn 1667 – 1675
Lockov život výrazne ovplyvnilo stretnutie s lordom Ashleym (neskorší gróf zo Shaftesbury a lord kancelár) v roku 1666. Onedlho sa presťahoval k nemu do Exeter House v centre Londýna a stal sa jeho tajomníkom a lekárom. Pod vplyvom Ashleyho a udalostí doby sa interesuje tiež o spoločenské dianie. Začal sa aktívne zúčastňovať na politike. Bol vymenovaný za tajomníka Komisie snemovne lordov o Karolíne a pomohol tiež vypracovať jej novú ústavu. U Shaftesburyho mal navyše možnosť príležitostne sa venovať aj medicíne, viedol dokonca operáciu cysty, ktorá zachránila Shaftesburymu život. Práve počas pobytu u Shaftesburyho začal Locke pracovať na svojich ďalších dielach – v roku 1667 napísal Esej o tolerancii, v roku 1668Niekoľko úvah o znížení úrokov a zvýšení hodnoty peňazí. V roku 1671 rozpracováva slávnu Rozpravu o ľudskom rozume. Keď Ashleyho povýšili na lorda kancelára Anglicka (1672), stal sa Locke jeho tajomníkom. Táto funkcia mu bola prospešná pri formulovaní myšlienok o obchode a ekonomike.
Francúzsko, návrat domov, Holandsko
Pre zdravotné problémy a priveľký pracovný stres sa Locke v roku 1675 rozhodol usadiť na nejaký čas vo Francúzsku, rok pobýval priamo v Paríži. Do Anglicka sa vrátil po štyroch rokoch v roku 1679. V krajine sa práve odohrávali politické konflikty medzi katolíckym kráľom a protestantským parlamentom. Vodcom opozície bol práve jeho dobrý známy, gróf Shaftesbury. Organizoval dokonca aj akcie na podporu vojvodu z Monmouthu (kráľov syn – protestant v exile). Nie je celkom jednoznačné, či a ako sa do týchto akcií zaplietol aj Locke, ktorý sa síce zdržiaval v Oxforde, no zachovali sa správy o tom, že jeho chovanie bolo priveľmi tajnostkárske. Shaftesbury bol napokon uväznený a ušiel do Holandska, kde v roku 1683 aj zomrel.
Ešte toho roku sa do Amsterdamu presťahoval aj Locke. Našiel tu ďalšieho dobrého priateľa, liberálneho teológaPhilippa van Limborcha. Nasledujúceho roku bol Locke na kráľov rozkaz pre blízku spoluprácu so Shaftesburym vylúčený z Christ Church College. Po neúspešnom povstaní vojvodu z Monmouthu navyše kráľ Jakub II. požiadal Holandsko o jeho vydanie. Locke preto na čas odišiel do ilegality pod menom dr. van Linden. Počas pobytu v Holandsku mal dostatok času na písanie. Napísal tu, pôvodne ako listy priateľovi, Niekoľko myšlienok o vzdelávaní. Anonymne uverejnil Prvý list o tolerancii (1689). Locke ešte stále pracoval aj na svojej Rozprave o ľudskom rozume a v roku 1688 bol uverejnený výťah z tejto práce v Bibliothéque Universelle (literárny časopis).
Návrat do Londýna
Locke zotrval v Holandsku päť rokov a za ten čas mu krajina prirástla k srdcu. Do Londýna sa opäť vrátil spolu s princeznou Máriou po ukončení revolúcie Viliama Oranžského proti Jakubovi II. vo februári1689. V Londýne sa mu začalo dariť a čoskoro sa stal slávnym. Krátko po jeho návrate bol uverejnený List o tolerancii. Konečne bolo publikované aj jeho najslávnejšie dielo Rozprava o ľudskom rozume (1689). Opäť sa aktívne angažoval v politike, odmietol miesto veľvyslanca (z časových dôvodov) a začal zastávať post odvolacieho komisára.
Z Londýna však musel pre zdravotné dôvody opäť odísť, tentoraz do Oates v Essexe. Strávil tu v blízkosti svojich priateľov sira Francisa a Lady Mashamovej väčšinu času od roku 1691. Lady Mashamová, jeho blízka priateľka, ho spolu so svojou rodinou prijala vo svojom dome a opatrovala až do jeho smrti. Aj napriek zriedkavejším návštevám Londýna si Locke udržal živý záujem o dianie v politike, bol intelektuálnym vodcom strany whigov. Znovu sa tiež začal venovať ekonomike. Patril medzi zakladajúcich akcionárov Anglickej banky aj klubu College, ktorý vyvíjal snahu zabrániť poškodzovaniu peňazí. Svoje ekonomické názory opisoval v práci Krátke postrehy o tlačených novinách (1695). V roku 1696 bol vymenovaný za hlavného komisára pre obchod a plantáže a túto funkciu zastával veľmi horlivo.
Neprestal sa však venovať ani filozofickej práci. V roku 1693 publikoval Niekoľko myšlienok o vzdelávaní, o rok neskôr vyšla druhá verzia Rozpravy. V otázkach náboženstva zastával jednoduchšiu verziu kresťanstva, túto svoju predstavu načrtol v práci Rozumnosť kresťanstva (1695). Práca sa však stretla s dosť negatívnym ohlasom a Locke bol obvinený, že je unitár. Na svoju obhajobu napísal ďalšiu prácu s príznačným názvom – Obhajoba rozumnosti kresťanstva. V nasledujúcich rokoch napísal ešte niekoľko listov a úvah s náboženskou tématikou ako odpovede biskupovi z Worcesteru, ktorý Lockove myšlienky razantne odmietal.
Posledné roky
Locke nezostal v Essexe spoločensky izolovaný, prijímal tu množstvo slávnych i menej slávnych návštev. Patrili k nim aj Isaac Newton, John Dryden a Molyneux. Jeho zdravotný stav sa však opäť zhoršil, mal problémy s dýchaním, pre ktoré bol dokonca pripútaný ku kreslu. Pravdepodobne z týchto dôvodov roku 1700 rezignoval na všetky svoje miesta v Londýne. Ďalej sa venoval už len písaniu komentára k listom svätého Pavla (uverejnený posmrtne 1705). V apríli roku 1704 spísal svoju poslednú vôľu a v septembri sa prihlásil k autorstvu prác, ktoré publikoval anonymne. Zomrel 28. októbra 1704. Svoje osobné listiny a polovicu majetku zanechal mladému právnikovi Petrovi Kingovi, na ktorého niekoľko rokov dohliadal a ktorý sa neskôr stal lordom kancelárom Anglicka. Druhú polovicu svojho majetku odkázal lady Mashamovej.
Vplyv na ďalšie generácie
John Locke zanechal rozsiahly filozofický odkaz pre mysliteľov a politikov 18. storočia, najmä v liberálnej línii. Jeho diela mali hlboký vplyv na Voltaira, svojou teóriou spoločenskej zmluvy ovplyvnil Alexandra Hamiltona, Jamesa Madisona a Thomasa Jeffersona. Jeho spisy boli priamo využité pri formulácii Vyhlásenia nezávislosti a americkej ústavy. Epistemologická teória, ktorú navrhol Locke, bola rozoberaná a kritizovaná ďalšími generáciami filozofov (Berkeley). V 19. a 20. storočí, najmä vďaka rozvoju analytickej filozofie a filozofie jazyka (Russel, Wittgenstein), bola napokon úplne vyvrátená, no stále je považovaná za dôležitý základný kameň novovekej filozofie.
