Nakon toga odlazi u redove splitskogHajduka gdje provodi 3 sezone u okviru prve momčadi, svaku lošiju od prošle. Isprva je još nešto i nastupao, a nakon toga sve manje. U međuvremenu se nikako nije pokazao kao pojačanje, mnogo više kao veliki kikser, a iskazao se jedino iznimno profesionalnim pristupom svom poslu zbog čega su ga treneri cjenili. Tokom boravka u Hajduku na proljeće 2007. u kup-derbiju sa Dinamom udario je šakom u lice Dina Drpića zbog čega je zaradio više utakmica kazne, no, ne i crveni karton. Naime, sudac Vlado Svilokos isključio je nedužnog Mladena Pelaića nakon što mu je Žilić uporno tvrdio da nije kriv. Nakon sezone 2006./07. stavljen je na transfer listu, te trenira odvojeno od momčadi (sa juniorima) dok mu ne istekne ugovor.
