Političko djelovanje Homeinija započinje ranih 1942. godine kada objavljuje „Otkrivanje tajni” (perz.Kašf al-Asrar), svoju prvu knjigu u kojoj iznosi protuargumente sekularnim stavovima Ahmada Kasravija. Homeini se nadalje u govorima gorljivo suprostavljao prozapadnjačkim idejama Muhamed-Reze Pahlavija, a sukob konzervativnih i režimskih struja osobito je došao do izražaja 1963. godine kada Homeini postaje glavnim ajatolahom dok Pahlavi istovremeno pokreće društveno-političke reforme poznate kao Bijela revolucija. Početkom juna navedene godine Homeini je uhićen i stavljen u dvomjesečni kućni pritvor, što ubrzo rezultira općim prosvjedima diljem zemlje i smrću 400 ljudi. Sljedeće godine Homeini u javnom govoru oštro napada Pahlavijev kontroverzni prijedlog o usvajanju novog zakona prema kojem se Amerikanci stacionirani u Iranu izuzimaju iz nadležnosti iranskih sudova. U novembru 1964. godine određena mu je višemjesečna zatvorska kazna, a ubrzo ga osobno posjećuje premijer Hasan-Ali Mansur i traži javnu ispriku. Nakon Homeinijevog kategoričnog odbijanja, Mansur ga fizički napada što ponovo rezultira otvorenim sukobima iranskih političkih frakcija. Nekoliko dana kasnije Homeini je prognan u Tursku, a Mansur početkom sljedeće godine biva ubijen u atentatu.