Za vreme Aprilskog rata bio je komandant 38. puka koji je jedini napredovao kod Skadra protiv Italijana. Po kapitulaciji se povezao sa crnogorskim oficirima, među kojima su bili Pavle Đurišić i Đorđije Lašić i počeo pripreme za dizanje ustanka. Za vreme ustanka1941. bio je član privremene komande narodnooslobodilačkih grupa Crne Gore, a krajem jeseni se nalazio u štabu Vražegrmsko-Pavkovićko-Petrušinskog odreda Narodnooslobodilačkog pokreta (NOP). Ubrzo je napustio Vrhovni štab ustaničke vojske i formirao četničku formaciju čiji je bio komandant.
Sa Italijanima je načinio sporazum 11. februara1942. godine u selu Rsojevići, kod Danilovgrada i otvoreno se izjašnjavao protiv pokreta otpora. Bio je u svim borbama koje su se protiv partizana vodile na prostoru Crne Gore čitave 1942. godine.
Objekat Bralenovica nadomak Danilovgrada, koji je služio kao dječje sirotište, od proljeća 1942. talijanski fašisti i četnici Baja Stanišića su koristili za logor u kojemu su zatvarali borce antifašističkog otpora i civilno stanovništvo Danilovgradskog sreza.[1] Najmasovnija hapšenja su bila u aprilu i maju 1942. Tada je samo u logoru Bralenovica zatvoreno 489 osoba, od »staraca do jednogodišnjeg djeteta«. Jakov N. Jovović izvještava Baja Stanišića o stanju u logoru Bralenovica, pismom br. 8, od 30. V 1942:
U zatvoru se nalazi 489 lica najraznovrsnijih godišta. Taj konglomerat ovolikog ljudstva u kojem ima veliki broj sitne, pa i najsitnije djece, pa staraca i starica, odaje tako bijednu sliku da ne može služiti nikako na čast našem Nacionalnom pokretu.
U avgustu 1942. broj zatvorenika se popeo na 610, da bi u pojedinim kritičnim periodima dostizao brojku od 700-1000 zatvorenika, koliko je i bio maksimalni kapacitet. Procenjuje se da je Stanišić od aprila 1942. do septembra 1943, putem prijekih vojnih sudova i na drugi način, strijeljao i umorio 426 danilovgradskih rodoljuba i boraca za slobodu.[1]
Koliki je bio stepen ovisnosti o talijanskom okupatoru kada je riječ o trupama pod komandom pukovnika Baja Stanišića, najbolje svjedoči njegovo naređenje upućeno 16. jula 1942. podređenim komandama i ustanovama u Podgorici, Nikšiću i Danilovgradu:
U cilju bolje organizacije službe bezbjednosti, bržeg i uspješnijeg svršavanja službenih i javnih poslova i održavanja korektnih odnosa između Nacionalnih i okupatorskih vlasti, a shodno postignutom sporazumu, —
NAREĐUJEM:
da se po gradovima, varošima i varošicama ne vrše nikakva hapšenja od strane Nacionalnih vlasti bez prethodnog sporazuma sa nadležnom Komandom karabinijera.[2]
– Pukovnik Bajo Stanišić
Prilikom posjete okupacionog guvernera Crne Gore generala Alesandra Pircija Birolijamanastiru Ostrog 18. oktobra 1942. godine, pukovnik Bajo Stanišić je održao pozdravni govor u njegovu čast. Govor je prenio kvislinški list “Glas Crnogorca” i u njemu je pukovnik Stanišić, između ostalog, istakao sljedeće:
Poslje našeg kratkog i nesretnog rata, u kome smo izgubili svoju Otadžbinu, ukazala nam se sreća u nesreći: prijateljsko i džentlmensko ponašanje italijanskih vojnika prema našem pokorenom narodu.
Rušilački duh jevrejskih zlikovaca, naučen da lovi u mutnom, oslonjen na krupne fondove strane propagande, našao je pogodan teren, da u savezu sa našim domaćim izrodima i otpadnicima napadne na Vaše mirne vojnike. I kada je toga radi narod doveden između dvije vatre i našao se na ivici propasti i u pitanju biti ili ne biti, vi ste, Ekselencijo, velikodušno odustali od represalija, na koje ste imali puno pravo. Vi ste dobro uočili otkuda sve to potiče i, kao stari prijatelj srpskog naroda i vitez Bijelog Orla sa mačevima, velikodušno pružili svaku pomoć da se naš narod spasi od propasti u najkritičnijem času naše istorije.
Povjerovali ste našoj riječi, iako to nije bio lak posao, prema stvorenoj situaciji. Dali ste nam oružje u ruke i podnijeli mnoge materijalne žrtve, pružili ste nam i svoju vojničku pomoć, bez koje mi ne bi bili u stanju da naš narod oslobodimo od najvećeg zla i napasti koje je imao u svojoj istoriji.[3]
Stanišićevi četnici su od okupatora dobijali novčane nagrade za hvatanje i ubijanje partizana u Crnoj Gori. 13. maja 1943. godine pukovnik Bajo Stanišić poručuje iz Danilovgrada komandantu IV četničkog bataljona kapetanu Špiru Stojanoviću:
„Za ubijenog odmetnutog komunistu Jagoša Kondića primljena je na kasi divizije „Ferara" ucena u iznosu od 30.000 lira. Kako je ubistvo imenovanog na dan 14. 1. 1943. godine izvršilo ljudstvo IV četničkog bataljona sa pridodatim žandarmima i nekim seljacima, to mi hitno dostaviti spisak lica koja su učestvovala u njegovom hvatanju i ubistvu uzimajući u obzir i žandarme i ostale učesnike, kako bi im se primljena nagrada podelila.
- Komandant pukovnik Bajo Stanišić."[4]
Nakon propasti fašističke Italije 1943. Bajo Stanišić se ponudio Njemcima kao saveznik u borbi protiv NOVJ, o čemu piše predsjedniku opštine Nikšić:
»Dragi Jevreme, ja sam ustao u borbi protiv komunista u februaru prošle godine. Glavni mi je bio zadatak da i dalje vodim borbu protiv njih i danas, poslije svih ovih događaja, stojim na istom stanovištu, te sam u vezi ovog mog gledišta, izdao nalog svim mojim jedinicama da nikako ne napadaju na njemačke vojnike, koji se kreću po ovoj teritoriji. Ako nađete za potrebno molio bih vas da odete kod komandanta njemačkih trupa u Nikšić ili okolinu i da mu saopštite ovu moju odluku i objasnite moj stav, kao i to da ih zamolite da nas ne smetaju u ovom započetom poslu. Prijateljski vas pozdravlja, pukovnik Bajo Stanišić«[1]
U jesen 1943. sa generalom Blažom Đukanovićem je preselio svoj štab u manastir Ostrog. Vrhovni partizanski štab dao je zadatak Petoj proleterskoj crnogorskoj brigadi da opsedne i likvidira Stanišićev i Đukanovićev štab na Ostrogu. Napad je počeo 14. oktobra 1943. Blažo Đukanović i Bajo Stanišić su davali žilav otpor iz samog manastira. Nemci su od 14—16 oktobra hitno intervenisali jačim delovima 750. puka, koje su prebacili iz Primorja, s ciljem da deblokiraju četnički štab u Ostrogu i odbace Petu crnogorsku brigadu. Međutim, brigada je prinudila nemačke snage da 16. oktobra, i pored jake podrške artiljerije i avijacije, obustave napad. Videći da se nalazi u bezizlaznoj situaciji, deo četničkog štaba se predao.[5] Posle 4 dana opsade, 18. oktobra prvi se predao general Đukanović sa nešto vojnika, a zatim je osuđen na smrt i streljan. Pukovnik Stanišić se povukao u Gornji ostroški manastir, misleći da će mu stići pomoć iz Nikšića. Stanišić je ostao da pruža otpor - poginuo je pucajući sa prozora Ostroškog manastira.
Sava Vukadinović, delegat Vrhovne komande JVUO u Crnoj Gori, je povodom pogibije Baja Stanišića i Blaža Đukanovića javio Mihailoviću da će od Nemaca tražiti streljanje 300 komunista:
Za ubistvo Baje i Blaža tražio sam od naših ljudi u Podgorici da intervenišu preko Nemaca da se strelja preko 300 komunista.[4]
– Depeša broj 9861 od 22. aprila 1943.
Nasljeđe
SPC, na čelu sa mitropolitom Amfilohijem, sagradila je pod Ostrogom Baju Stanišiću spomen-crkvu.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
