Средства на строительство подворья собирали по всей России: по Высочайшему повелению во всех храмах Российской империи в оба праздника святителя Николая Чудотворца (весенний и зимний) устраивали тарелочный сбор «на Барград». Кроме того, комитету были переданы средства (246 500 рублей), собранные ранее на храм в Мирах Ликийских, 10 000 рублей от Николая II и 3000 рублей от великой княгини Елизаветы Фёдоровны как председательницы Палестинского общества. В начале 1911 года комитет послал в Бари миссионера протоиерея Иоанна Восторгова, который 20 января (2 февраля) приобрёл у госпожи Скорча для подворья участок земли площадью 1,2 гектара. Весной того же года в город прибыли член комитета князь Николай Жевахов и архитектор Владимир Покровский.
Проект к весне 1912 года составил знаток древнерусского храмового зодчества Алексей Щусев. В марте 1913 года в Бари прибыла строительная комиссия в составе иерея Христофора Флерова, протоиерея Николая Федотова, архитектора Всеволода Субботина и смотрителя работ И. Д. Никольского. Фундамент храма был заложен 9 (22) мая1913 года. Строительство под руководством инженера Н. Рикко шло быстро. 24 декабря 1913 (6 января1914) года на территории строительства была освящена деревянная церковь. В марте 1914 года здания были уже подведены под крышу.
Летом 1914 года подворье открыло временный приют для паломников, рассчитанный на 20—30 человек, который с началом Первой мировой войны стал выполнять функции беженского пункта. В связи с событиями в Европе предполагавшееся освящение храма в декабре не состоялось, однако работы продолжались: к январю 1915 года был закончен нижний, «тёплый» придел храма.
В 1926 году права на подворье заявило ленинградское Палестинское общество, получившие удостоверение тождества от советского посольства в Риме. Однако князь Жевахов оспорил притязания советского правительства в городском суде и выиграл тяжбу. Храм остался в ведении Русской православной церкви заграницей. Решение суда было оспорено; апелляция была рассмотрена Королевским судом в Риме, который предписал князю вернуть подворье советскому Палестинскому обществу. В связи с этим или по другим причинам в 1937 году князь Жевахов своевольно продал городским властям всю русскую церковную недвижимость в Бари, построенную на народные пожертвования. С тех пор Барградское подворье перестало быть собственностью России и Русской православной церкви. Городские власти обязались содержать православного священника за свой счёт, что делают до настоящего времени. Храм был передан в безвозмездное пользование православной общине, странноприимный дом был переоборудован под детский сад и богадельню.
В связи с увеличением числа паломников из России возникла необходимость пересмотра правил пользования храмом. Муниципалитет предложил в 1996 году создать соответствующую комиссию, которая ни разу не собралась. 23 ноябре 1998 года был подписан договор с городскими властями, по которому Московскому патриархату был передан верхний храм и один этаж странноприимного дома. Нижний остался в юрисдикции Русской православной церкви заграницей[3].
5 апреля 2001 года патриарх Московский и всея Руси Алексий II принял в своей рабочей резиденции в Свято-Даниловом монастыре мэра города Бари Симеоне ди Каньо Аббреша. Было достигнуто соглашение о передаче Русской православной церкви так называемых «Царских покоев» — паломнического комплекса, примыкающего к Никольскому храму. Соответствующие дополнения были внесены в соглашение о сотрудничестве между Русской православной церковью и властями города Бари, подписанное 23 ноября 1998 года[4].
14 марта2007 года в ходе визита российского президента Владимира Путина в Бари были проведены переговоры о передаче русского храма Русской православной церкви. Официальная церемония должна была состояться 6 декабря 2008 года, но смерть патриарха Алексия II в Москве задержала церемонию. Церемония передачи церкви состоялась 1 марта2009 года в присутствии президента Италии Джорджо Наполитано и президента Российской Федерации Дмитрия Медведева[5][6]. 23 января2012 года состоялась официальная окончательная передача России здания подворья[7].
Ансамбль построек выполнен в стиле псково-новгородского зодчества XV века.
Храм одноглавый, каменный, с подклетью. Церковь рассчитана на 260 человек. Проект отдельно стоящей двухъярусной звонницы не был осуществлён. Над входом в храм находится мозаичная икона Спасителя с молящимися Богородицей и святителем Николаем, созданная местным художником Никколо Колонна в 1967 году.
В храме два придела: верхний — святителя Николая Чудотворца, нижний — святителя Спиридона Тримифунтского.
Верхний храм. Иконостас одноярусный. Образа для него были написаны в начале 1950-х годов парижскими художниками Альбертом Бенуа и Маргаритой Бенуа-Новиковской. При этом по проекту Щусева предполагалось устроить пятиярусный иконостас со старинными русскими иконами (XVI—XVII веков), обрамлёнными чеканной медью, золочёной старым золотом. Эти образа были приготовлены председателем комитета князем Алексеем Ширинским-Шихматовым к 1915 году, но Первая мировая война и события в России помещали доставить их в Бари. Каркас иконостаса также остался в Москве. По этой же причине не была осуществлена роспись храма художником Кузьмой Петровым-Водкиным. Паникадило было изготовлено в Сербии на средства русских паломников и установлено в 1998 году.
Нижний храм. Среди святынь находится икона святителя Николая Чудотворца с частицей его мощей.
Перед храмом и странноприимным домом находится статуя святителя Николая работы Вячеслава Клыкова, установленная в 2001 году[10].
На территории комплекса, кроме храма, расположены:
странноприимный дом (странноприимница) — двух- и трёхэтажное здание;
хозяйственные помещения;
сад;
дом для священника, построенный в конце 1960-х годов;
часовня во имя Царя-Мученика, возведённая в 1971 году.
↑В приходе РПЦЗ до 21 июня 2004 года настоятелем был иерей Андрей Труфанов (1960—2004); в 2007—2009 годах — иерей Сергий Турчик (поддерживал ВВЦУ РПЦЗ).