Авиакомпания USA3000 Airlines была основана в 2001 году в качестве дочернего предприятия туристической компании «Apple Vacations». В течение нескольких месяцев проводились организационные мероприятия по оформлению документов и 21 декабря 2001 года перевозчик был официально сертифицирован Федеральным управлением гражданской авиации США по части 121 (выполнение регулярных и чартерных пассажирских перевозок). Название авиакомпании, вероятно, происходит от имени нефункционирующей к тому времени канадской компании Canada3000 Airlines, хотя само происхождение бренда основателями до сих пор не раскрывалось.
USA3000 Airlines начала выполнение пассажирских рейсов с одного самолёта Airbus A320, первый полёт по маршруту Филадельфия — Канкун состоялся 28 декабря 2001 года. К началу следующего года авиакомпания работала исключительно на чартерных перевозках из аэропортов Филадельфии, Ньюарка, Хартфорда и Колумбуса. Второй лайнер A320 пополнил флот компании в начале 2002 года, третий — в мае того же года с местом базирования в Международном аэропорту Чикаго О’Хара.
Расширение деятельности: 2003—2007 годы
В целях повышения доходов с 2003 года авиакомпания USA3000 Airlines начала переводить некоторые чартерные маршруты на регулярную основу, предлагая пассажирам услуги приобретения авиабилетов по определённым направлениям без покупки турпакета фирмы «Apple Vacation».
К концу 2004 года воздушный флот USA3000 Airlines состоял из 12 самолётов семейства Airbus A320, ещё два лайнера авиакомпания арендовала у Thomas Cook Airlines.
Кризисный период: 2008—2010 годы
В начале 2008 года USA3000 Airlines объявила об уходе из Международного аэропорта Ньюарк Либерти в связи с возросшей конкуренцией бюджетных авиаперевозчиков на регулярных линиях из этого аэропорта.
К лету 2008 года авиакомпания начала закрытие регулярных рейсов из всех аэропортов штата Флорида, за исключением аэропорта в городе Форт-Майерс, при этом главной причиной ухода с рынка пассажирских перевозок Флориды стал рекордный рост мировых цен на топливо. Бывший директор авиакомпании Ангус Киннер промментировал сложившуюся ситуацию следующим образом: «Тарифы на внутренние авиаперевозки во Флориде одни из самых низких по стране, и только цены на билеты из Форт-Майерса являются достаточно высокими, чтобы авиаперевозки приносили доход при стоимости нефти в 125 долларов за баррель». Вместе с тем, USA3000 Airlines подтвердила сохранение остальных регулярных рейсов с упором на наиболее выгодные международные маршруты[6]. К концу 2008 года мировая цена на нефть пошла вниз, и авиакомпания возобновила регулярный рейс из Чикаго (О’Хара) в Международный аэропорт Сент-Питерсберг/Клируотер[7].
В апреле 2009 года USA3000 Airlines прекратила регулярные рейсы между Детройтом и Милуоки, мотивировав это решение всеобщим экономическим спадом и низким спросом со стороны пассажиров на данное направление[9]. Летом того же года был снят регулярный маршрут между Балтимором и Питтсбургом, На обоих направлениях перевозчик оставил только сезонные рейсы[10].
В марте 2010 года USA3000 Airlines закрыла собственную базу экипажей в Форт-Майерсе, однако, по сообщению генерального директора, авиакомпания не планирует в ближайшем будущем уменьшать число регулярных рейсов из самого аэропорта Форт-Майерс.