Происхождение блюда остается предметом разногласий. Существует различные точки зрения о ливийском, марокканском, тунисском, турецком, алжирском и йеменском происхождении[5][6]. Помидоры и перец – ингредиенты Нового Света, которые стали повседневными только в более поздние века после Колумбова обмена.
Блюдо попало в израильскую кухню вместе с еврейскими выходцами из стран Магриба (Марокко, Алжир, Ливия, Тунис, Мавритания) в 1950—1950 годах, привезшими его в Израиль, однако популярным в меню оно стало только лишь в 1990-х годах[7]. Вскоре шакшука обжилась, став, наравне с фалафелем и хумусом, любимым национальным блюдом[8]. Его нынешняя популярность в Израиле во многом связана с Бино Габсо, сыном еврейских эмигрантов из Триполи, который в 1991 году унаследовал ресторан своего отца в Яффо и изменил его название на «Доктор Шакшука»[7]. С тех пор это блюдо стало популярным во всем мире, и этой тенденции, возможно, отчасти способствовала кулинарная книга 2012 года по иерусалимской кухне, написанная еврейским израильским шеф-поваром Йотамом Оттоленги и его палестинским деловым партнером Сами Тамими[7]. Израильский кулинар Гил Ховав приписывает международную популярность таких блюд, как шакшука, книге Оттоленги и Тамими. Некоторые обвинили Израиль в культурной апроприации, от чего шеф-повар Михаил Соломонов отмахнулся: «Забавно, потому что это блюдо действительно появилось из ниоткуда. Сказать, что это блюдо присвоенное — будет не только неточно, но и просто лень. Настоящая причина того, что все в этом регионе готовят так, как они готовят, — это османы»[9].
↑Шакшука (неопр.). Пьяный повар: Записная книжка рецептов и немного о личном. Дата обращения: 28 мая 2013. Архивировано из оригинала 2 марта 2013 года.
↑Stephanie Clifford-smith.Three of a kind ... shakshouka(англ.). The Sydney Morning Herald (6 июня 2011). Дата обращения: 31 августа 2020. Архивировано 8 августа 2020 года.