Начинал заниматься футболом в клубе «Драхтен Бойс», а в 16 лет попал в «Гронинген». 5 сентября 1984 года он дебютировал в высшем дивизионе в матче против «Волендама» (1:3). 3 ноября того же года в матче против АЗ (1:1) он забил первый гол. Всего в «Гронингене» он играл до конца сезона 1985/86, но основным игроком так и не стал, из-за чего был отдан в аренду в «Вендам». Там он сразу стал основным и забил пять мячей в 33 матчах сезона, но спасти команду от вылета в Первый дивизион не сумел.
В 1987 году Хёйстра стал игроком «Твенте», где выступал до лета 1990 года, забив 17 голов в 93 матчах чемпионата, а также сыграл в Кубке УЕФА и стал игроком сборной.
В 1990 году Хёйстра стал футболистом шотландского «Рейнджерс». В шотландской Премьер-лиге дебютировал 25 августа 1990 года в домашней игре против «Данфермлин Атлетик». В «Рейнджерс» в течение 4,5 лет он играл в основном составе. В этот период он выиграл чемпионат Шотландии пять раз (1991, 1992, 1993, 1994, 1995), дважды Кубок Шотландии (1992, 1993) и трижды Кубок шотландской лиги (1991, 1993, 1994).
В 1995 году Хёйстра отправился в Японию по приглашению соотечественника Вима Янсена, который тренировал клуб «Санфречче Хиросима», и в течение двух лет играл в местной Джей-лиге.
В начале 1997 года Питер вернулся в «Гронинген», а летом того же года уехал в бельгийский «Льерс». В течение первых двух сезонов он был основным игроком клуба и в 1999 году выиграл кубок и Суперкубок Бельгии. Он закончил свою карьеру в 2001 году как игрок «Розендала», в котором, однако, так и не сыграл ни одного матча, получив серьёзную травму ахиллова сухожилия. И хотя его контракт с клубом продолжался ещё один год, он так и не сыграл за клуб в сезоне 1999/2000. После 394 матчей в высших дивизионах четырёх стран, в которых он забил 71 гол, Хёйстра закончил 16-летнюю профессиональную карьеру.
Выступления за сборную
В составе национальной сборной Нидерландов он дебютировал 16 ноября 1988 года в проигранной с минимальным счётом товарищеской встрече с Италией. В 1989 году Питер сыграл ещё четыре матча за «оранжевых», однако зимой в сезоне 1989/90 он получил травму паха, которую залечивал до марта 1990 года. Он не смог быстро вернуться в игру, из-за чего в сборной в том году не играл. Несмотря на то, что он был в расширенном списке команды на участие в чемпионате мира 1990, в конечный список 22 игроков не попал, поскольку главный тренер сборной Лео Бенхаккер предпочёл взять на его позицию игроков «Аякса»[2].
В апреле 1991 года, когда Хёйстра уже успешно играл в Глазго, новый тренер сборной Ринус Михелс вновь пригласил Питера. Он сыграл в том году в двух матчах квалификации на Евро-1992 против Финляндии, после чего сыграл свою последнюю международную игру против Польши 11 сентября 1991 года на стадионе «Филипс». Всего в форме сборной страны сыграл восемь матчей.
Тренерская карьера
После окончания футбольной карьеры стал тренером. Начал тренерскую карьеру в 2001 году с молодёжной команды «Гронингена», с которой проработал четыре года. 1 июля 2005 года покинул «Гронинген» и был назначен новым помощником тренера Ада де Моса в «Витессе».
3 апреля 2009 года стало известно, что Хёйстра стал помощника тренера в «Аяксе», а с сезона 2009/10 года был тренером молодёжной команды столичного клуба, «Йонг Аякс»[3].
22 декабря 2009 года стало известно, что Хёйстра с сезона 2010/11 будет главным тренером «Гронингена»[4], заменит Рона Янса, который покинет клуб после окончания сезона 2009/10. В первом сезоне Питер финишировал с «Гронингеном» на пятом месте и вышел в плей-офф за право сыграть в Лиге Европы. В финальном матче против «АДО Ден Хаг» его клуб уступил в серии пенальти и не вышел в еврокубки. Тем не менее после удачных результатов против «Аякса» (1:0) и «Твенте» (1:1) Хёйстра показал потенциал для дальнейшего роста[5] и 29 ноября 2011 года было объявлено, что он продлил свой контракт с клубом ещё на год. Клуб отметил, что доволен работой Питера за последние полтора года[6]. Несмотря на это, уже 10 мая 2012 года Хёйстра был уволен после провального сезона, по результатам которого клуб занял 14-е место[7].
30 мая 2012 года он был представлен новым главным тренером клуба «Де Графсхап»[8], который вылетел в Эрстедивизи, задачей было быстро вернуть клуб в элиту. В первый год он стал с командой восьмым. В своём втором сезоне он вступил в конфликт со значительной частью болельщиков команды и 24 декабря 2013 года был уволен[9]. Клуб стал шестым[10].
В декабре 2014 года стал техническим директором сборной Индонезии[11]. В мае 2015 года он был назначен временным тренером сборной для отбора на чемпионат мира по футболу 2018 и квалификацию к Кубку Азии 2019 года. Однако с июня членство Индонезии в ФИФА было приостановлено, и команде уже не было разрешено играть матчи. В декабре 2015 года Хёйстра расторг свой контракт. Также непродолжительное время Питер работал с местной командой «Мадура Юнайтед»[12].
31 марта 2017 года он был назначен помощником тренера словацкого чемпиона «Тренчин» до конца сезона[13][14]. После окончания сезона он покинул клуб и присоединился к «Пахтакору» из Узбекистана, где стал ассистентом Шоты Арвеладзе[15]. Вместе с Арвеладзе они подняли клуб с восьмого на третье место и прошли квалификацию в Лигу чемпионов АФК. В следующем сезоне «Пахтакор» занял второе место и вышел в финал кубка. В декабре 2018 года узбекский клуб продлил контракты всего тренерского штаба на один год. В 2019 году у клуба было хорошее начало, он вышел в групповой этап Лиги чемпионов АФК после победы в двух квалификационных раундах. 10 января 2022 года Хёйстра покинул «Пахтакор»[16].