На месте Уотертауна раньше находилось одно из первых европейских поселений в районе залива Массачусетс. Называлось оно плантацией Солтонстолла по имени основателя — сэра Ричарда Солтонстолла. Основано оно было в 1630 году. В ранних документах встречается также написание Уотертон (англ.Waterton). В годы Войны за независимость США в Уотертауне временно располагались некоторые органы революционной власти и правительство Массачусетса. В городе была создана Школа Перкинса для слепых, старейшее учебное заведение США для слепых.
Армянская диаспора
Уотертаун является одним из крупнейших центров армянской диаспоры в США. По оценкам 2007 года, численность армянского населения в городе составляет от 7 до 8 тыс. — таким образом, по числу армян он находится на 3-м месте среди городов США, после Фресно и Глендейла (оба в Калифорнии). В городе действует храм святого Стефана[1], принадлежащий армянской апостольской церкви, издаётся несколько газет для представителей диаспоры на английском и армянском языках.