В средние века Перуджа знала множество эпизодов братоубийственной резни, обусловленных борьбой между семействами Одди и Бальони за верховенство в городе. В общеитальянской политике город, формально независимый, обычно держался стороны папства (см. гвельфы). В XIII веке папы не раз находили спасение в стенах верного им города; здесь состоялось пять конклавов.
В 1540 году Пьерлуиджи Фарнезе победил последнего из Бальони, после чего папство добилось включения города в состав Папской области. В феврале 1797 года французы на короткое время сделали Перуджу столицей Тиберинской республики. В XIX веке город не раз страдал от землетрясений.
На площадь фасадами выходитят средневековая ратуша Палаццо дей Приори (1293─1297), приспособленная частично под художественный музей (Национальная Галерея Умбрии), а также Кафедральный собор Св. Лаврентия (1345—1430), в котором хранится обручальное кольцоДевы Марии (Святое кольцо из Перуджи[6]).
Посетив город в начале XX века, историк искусства Павел Муратов назвал его малоархитектурным: «Проходя по узким улицам, которые кажутся ущельями, прорытыми в лавах, извергнутых вулканом истории, приезжий останавливается с восхищением лишь пред тем, что было сделано здесь рукой чужестранца». Тем не менее, город весьма богат старинными храмами:
Церковь Сан-Доменико (1305, перестроена в 1632) с пышной гробницей папы Бенедикта XI.
Церковь Сан-Пьетро (X век с позднейшими перестройками).
Капелла Сан-Северо — известна фреской, над которой поочерёдно работали Рафаэль и Перуджино.
Церковь Сан-Бевиньяте (ок. 1250) — суровый храм тамплиеров.
Колледжо-дель-Камбио (1452-57) с монументальными фресками Перуджино и его учеников.
В бывшем монастыре доминиканок ныне выставлены античные древности, в том числе памятники культуры этрусков. Бывший оливетанский монастырь отдан Перуджинскому университету, одному из старейших в Европе (1307). Ещё один университет занимает палаццо Галленга.
Туристов в Перуджу привлекают красочные празднества, среди которых выделяются музыкальный фестиваль «Умбрия Джаз» (итал. Umbria Jazz), проходящий ежегодно в июле, а также ежегодный осенний фестиваль[англ.]шоколада.
Перуджа — один из самых маленьких городов мира, которые имеют метро. Миниметро Перуджи построено в январе 2008 года и имеет протяжённость 4 км.