В конце 2007 года в депо были переданы все локомотивы расформированного депо Запорожье-2 (ТЧ-14). На базе бывшего локомотивного депо Запорожье-2 было создано Запорожское моторвагонное депо (РПЧ-3), куда вошли электропоезда расформированного ТЧ-14, административный корпус и цех ремонта электроподвижного состава и оборотное депо Запорожье (ТД-3), относящееся к локомотивному депо Мелитополь. К нему отошли тепловозный и крановый цеха, топливный склад, ПТО тепловозов и ПТО электровозов на станции Запорожье-1.
Пассажирское движение осуществляется чешскими электровозамиЧС2 и ЧС7. Грузовое электровозами ВЛ11М. Тепловозы2ТЭ116 используются для обоих видов перевозок, ТЭП70, ЧМЭ3(Т) пассажирские. В маневровой работе чешские тепловозы ЧМЭ3 и ЧМЭ3Т.
Обслуживание подвижного состава
Депо выполняет текущий ремонт и осмотры подвижного состава ТР-3, ТР-1, ТО-2, ТО-3. Капитальный ремонт осуществляют заводы ЗЭРЗ, ЛЭРЗ и ДТРЗ. В депо проходят ТР-3 локомотивы депо Мелитополь, Кривой Рог-Главный, Нижнеднепровск-Узел, Пятихатки, Пологи, (до 2014 года — Джанкой, Керчь); ТО-2 локомотивы депо Кривой Рог, Нижнеднепровск-Узел, (до декабря 2014 года — Джанкой, Симферополь).