В первенстве СССР выступал в низших лигах. Наилучшее достижение — 13-е место в 7 зоне второй лиги в 1981 году.
Казахстанский период
В 1992 году команда заняла 19-е место среди 24 команд высшей лиги первого Чемпионата Казахстана по футболу.
В 1993—1997 годах не выступала ввиду отсутствия денежных средств.
В 1998 году по поручению нового акима области Даниала Ахметова были выделены деньги из бюджета на содержание команды. Выступать клуб имел право только в первой лиге. Сначала в Талдыкоргане состоялся предварительный этап, а затем в Алматинской области — финальный. В тех играх «Есиль» не играл в родных стенах. Заняв в финале предпоследнее место, получили право играть в 1999 году в высшей лиге чемпионата Казахстана, а вошедший в тройку сильнейших «Мунайши» такой возможности не получил.
1999—2001
В 1999 году было подписано соглашение о сотрудничестве с Северо-Казахстанским филиалом компании «Аксесс-Индастриз», после чего команда была переименована в «Аксесс-Есиль».
Был назначен украинский тренер Владимир Стрижевский, который пригласил в команду необходимых ему игроков, в том числе и тех, с кем он работал на родине. В их числе были члены национальной сборной Казахстана Булат Есмагамбетов с Александром Фамильцевым, один из лучших воспитанников петропавловского футбола Олег Чухлеба с братом Юрием, бывший игрок «Алании» Игорь Авдеев, немало поигравший в высшей лиге чемпионата СССР Сергей Мазур и Борис Матвеев.
После возрождения клуб дважды становился серебряным призёром в 1999 и 2000 годах и бронзовым призёром в 2001 году.
В течение периода с 2002 по 2008 годы клуб являлся крепким середняком Премьер лиги. Лучшим достижением этого периода стало 6-е место сезона 2004 года среди 19 команд.
2009—2019
В сезоне 2009 года в связи с потерей единственного спонсора, и последовавшей вслед за этим потерей практически всего основного состава, клуб вынужден был играть большую часть сезона дублирующим составом. В итоге занял последнее место и выбыл из Премьер лиги Казахстана в Первую лигу.
В сезонах 2010—2012 годов клуб сделал ставку на местную молодёжь и занял 10—15 места, не сумев вернуться в Премьер лигу.
В 2013 году клуб был реорганизован, и переименован в «Кызыл-Жар СК». В клубе сменилось руководство, был приглашён ряд опытных игроков. Команда показала лучший результат за время пребывания в Первой лиге, заняв 4-е место.
На сезон 2014 года была поставлена задача минимум занять призовое место, однако команда результата не показала. В итоге во второй половине сезона в клубе произошла смена руководства и тренерского штаба.
На сезон 2015 года была поставлена задача — выход в Премьер-лигу. Главным тренером был назначен казахстанский специалист Владимир Фомичёв. Состав изменился почти полностью. Команду пополнил ряд опытных игроков. В частности, в прошлом игроки национальной сборной Али Алиев, Роман Нестеренко и Максим Жалмагамбетов. Также были приглашены легионеры: опытный молдавский полузащитник Игорь Костров, игрок сборной ЦАР Мусса Лимане и сенегальский защитник Эльхаджи Ндойе. Кроме того, в команде остался её лучший бомбардир прошлого сезона — грузинский форвард Давити Чагелишвили. В трансферное окно команду пополнил защитник сборной Армении Артём Хачатуров. Команда в очередной раз не показала стабильной игры и провалила задачу на сезон. Переиграв конкурентов и дома и на выезде и при этом проиграв ряд матчей второго круга аутсайдерам, в частности в предпоследнем туре «Байтереку», не имевшему вообще ни одной победы в сезоне, клуб потерял шансы на первое и второе места, в итоге закончив сезон лишь на четвёртом месте.
На сезон 2016 основной задачей был заявлен выход в Премьер-лигу. Руководство и тренерский штаб изменений не претерпели. От прошлогоднего состава в команде осталось 6 игроков. Помимо местных воспитанников, остались лишь Али Алиев и Роман Нестеренко. Команду пополнил ряд игроков первой и Премьер-лиги, среди которых значительными фигурами являлись российский форвард Сергей Струков и один из успешных местных воспитанников Евгений Аверченко. В качестве легионеров были приглашены также центральный защитник сборной Туниса Валид Хишри и боснийский нападающий Бошко Ступич. На старте сезона в матчах Кубка Казахстана клуб стал единственным представителем первой лиги, преодолевшим 1/8. В четвертьфинале соперником стал чемпион страны и участник групповой стадии Лиги чемпионов — ФК «Астана» (2:3). В первенстве первой лиги с первых туров команда оказалась в числе лидеров. Далее последовали серьёзные проблемы с составом — травмированными один за одним оказались почти все лидеры команды. Полоса травм преследовала игроков команды до самого конца сезона, усиления состава в период дозаявок результата не дали. Очковые потери привели в итоге на третью строчку турнирной таблицы. По окончании сезона началась масштабная реконструкция основной арены клуба.
Сезон 2017 года больших изменений не принёс. Клуб боролась за путёвку в премьер-лигу, параллельно развивая необходимую инфраструктуру. Основной костяк игроков в целом сохранился. Ушёл в клуб дивизионом выше Сергей Струков, завершили игровую карьеру Евгений Аверченко и Роман Нестеренко. Значимыми приобретениями стали опытный голкипер из Уральска Роман Багаутдинов и малийский центральный защитник Мамуту Кулибали. 24 сентября за 5 туров до окончания первенства первой лиги Кызыл-Жар-СК стал фактически недосягаем для конкурентов за вторую путёвку в КПЛ. Таким образом, спустя 8 лет Петропавловск добился возвращения в элитный дивизион казахстанского футбола[3], 25 сентября 2017 босниец Бошко Ступич с результатом 13 забитых мячей стал лучшим бомбардиром первенства.
В 2018 после 8-летнего перерыва «Кызыл-Жар СК» стартовал в КПЛ. Основная задача на сезон — закрепиться в элитном дивизионе. Главным тренером стал болгарский специалист Никола Спасов. Костяк команды был практически сохранён. Покинул команду малиец Мамуту Кулибали, но для усиления состава приглашён ряд опытных легионеров: грузины Шота Григолашвили, Гогита Гогуа, Георгий Попхадзе, балканцы Михаил Венков, Урош Делич и Братислав Пуношевац, также парагваец Фредди Коронель. Но 24 мая болгарский тренер Никола Спасов покинул команду из-за неудачного старта — 2 победы, 2 ничьи и 8 поражений[4]. Его заменил в июне один из самых титулованных казахстанских футболистов — 4-кратный чемпион Казахстана Андрей Кучерявых[5]. В летнее трансферное окно команду покинули 9 игроков, в том числе возрастные Гогуа, Михаил Венков, Пуношевац и Бошко Ступич. Пополнил состав ряд игроков, наиболее заметными среди которых являются уже хорошо известные в КПЛ форварды Момоду Сисей и Мирослав Лечич. Команда за два тура до окончания чемпионата занимала 8-е место, имея в активе 35 очков, которые в прошлые сезоны гарантировали бы сохранение прописки. Но провалив последние два тура за счёт худшей разницы забитых и пропущенных мячей, скатилась до 11-го места и покинула КПЛ.
В январе 2019 главным тренером команды был назначен капитан и ветеран команды Али Алиев[6]. Команду покинул ряд лидеров, в том числе и местные воспитанники Сергей Скорых и Тимур Мульдинов. Из легионеров остались Шота Григалашвили, Урош Делич и Максим Драченко. Было пригласить большую группу дублёров как местной футбольной школы, так и других городов Казахстана. Перед командой была поставлена задача — возвращение в Премьер-лигу. За неуверенным стартом последовала 9-матчевая беспроигрышная серия. По итогам первого круга команда заняла вторую строчку. В летнее трансферное окно команду покинул Урош Делич и основной вратарь Тимурбек Закиров. Место в воротах и центре обороны заняли ещё два молодых новобранца — Олег Грубов и Алибек Касым. Атаку усилил Сисей, вернувшийся из аренды. Во втором круге команда пропускала лишь в двух матчах, выдав 12-матчевую беспроигрышную серию с общим счётом 33-1. Итогом стали золотые медали первенства первой лиги и путёвка в Премьер-лигу-2020[7]. Али Алиев был признан лучшим тренером первой лиги 2019[8]. В декабре по истечении срока действия контракта Али Алиев покинул клуб.
Перед сезоном 2022 года команду покинули Драченко, Бекбаев, Фонсека, Смайлагич, Бугриев, Сапаров, Даиров и Касым. Вернулся в команду воспитанник петропавловской школы голкипер Владимир Логиновский. Команду пополнило большое количество иностранных новичков. Это бразильцы Жиан Мартинш и Лукас Кордосо, россияне Евгений Козлов, Андрей Панюков, Александр Довбня, белорусы Сергей Тихоновский и Кирилл Сидоренко, серб Стефан Живкович и экс нападающий сборной Конго Жордан Н’Кололо. Из казахстанцев заявку пополнил защитник Марк Гурман и перспективная молодёжь — Алмас Измайлов, Адилов Альдаир, Алишер Сулейменов. Из-за запланированной реконструкции стадионов «Карасай» и «Жастар» до июля домашние матчи было решено принимать на столичной «Астана-Арене», дубль стал базироваться в Кокшетау. За первые 8 туров было набрано всего 6 очков. Исправлять ситуацию был приглашён Али Алиев. Команду покинули Кардосо, Панюков, Довбня, Сидоренко, Живкович, Н’Кололо и Есимов. Перед еврокубковым дебютом команду усилили Еркин Тапалов, Матео Мужек и Элгуджа Лобжанидзе. Во втором раунде Лиги конференций был обыгран хорватский «Осиек», в третьем команда уступила «Апоэлю». В чемпионате до последнего тура команда боролась за выживание.
В межсезонье 2023 года «Кызыл-Жар» покинули практически все игроки основного состава[11] за исключением Бушмана и Тапалова. Тренерский штаб во главе с Али Алиевым провёл большую селекционную работу в результате которой в команду пришли два новых вратаря — Роман Степанов и Джурахон Бабаханов. Линию обороны пополнили Иван Граф, Никита Наумов, Брайан Ван Ден Богарт, Ардак Саулет и Бекзат Шадманов. Полузащиту усилили Рафаэль Сабино, Младен Веселинович, Лука Имнадзе, Евгений Берёзкин и Марат Шахметов. В качестве нападающих приглашены Тамаз Макацария, Пернамбуко и вернувшийся из аренды местный воспитанник Артём Черединов. Домашние матчи было решено проводить на обновлённом поле стадиона «Жастар». Стартовый отрезок чемпионата оказался очень удачным. В четвёртом туре «Кызыл-Жар» возглавил турнирную таблицу. За шесть первых туров команда набрала максимальное количество очков — 18[12], беспроигрышная серия продлилась до 8-го тура, и по итогам 9-го тура клуб возглавлял турнирную таблицу[13]. Затем последовали кадровые проблемы, которые привёли к спаду[14]. По разным причинам команду покинули Рафаэль Сабино, Черединов, Макацария, Пернамбуко и Ван Ден Богарт. В команду вернулся Пабло Подио, а также были приглашены Дарко Булатович, Борис Цмилянич и Дмитрий Хлёбас, но изменить ситуацию не удалось. В итоге команда смогла лишь повторить результат 2021 года в 39 очков, при этом заняла только 5-е место и в еврокубки не пробилась.
Сезон-2024 команда начала 10 января со сборов в Турции. Задача на сезон — попадание в зону еврокубков[15]. В межсезонье клуб покинули 12 игроков основного состава[16][17]. Также клуб успел подписать опытного защитника Владислава Сорокина и нападающего Алексея Щебетуна, а также молодого вратаря Александра Довгаля и полузащитника Мади Хасейна. В феврале на вторых сборах в Турции клуб принял участие в «Кинопоиск FNL Camp» и стал его победителем[18]. По ходу сборов команду пополнили защитники Зоран Нижич и Улар Жаксыбаев, полузащитники Рубен Брижиду и Ираклий Бугридзе и нападающий Шокан Абзалов. Помимо этого вернулись три лидера прошлогоднего состава — Брайан Ван Ден Богарт, Рафаэль Сабино и Лука Имнадзе. 20 марта клуб объявил об уходе Григория Лория с поста президента клуба[19]. 26 марта в качестве нового директора клуба был представлен авторитетный[20] казахстанский специалист — Николай Панин[21]. Перед третьим туром в клуб вернулся Юрий Бушман, плюс был подписан ещё один латераль — Никола Богдановски[22]. В летнее трансферное окно команду покинули Ван Ден Богарт, Цмилянич, Бугридзе. В качестве усиления приглашены Душан Йованчич и Сенин Себаи. Тренером по физической подготовке вместо Сергея Клушанцева назначен известный белорусский специалист Руслан Зубик[23].
У клуба существует футбольный центр для подготовки резерва, а также фарм-клуб, на постоянной основе выступающий во второй лиге. В 2003—2005 годах команда «Есиль-Богатырь-2» играла в первой лиге. В период с 2010—2017 и в 2019 фарм-клуб отсутствовал. В сезоне 2020 «Кызыл-Жар СК М», завоевал золотые медали второй лиги и вышел в первую лигу, где сыграл один сезон в 2021[26].