Современное название переулок получил в 1922 году по фамилии купца Ильи Ковылина, основателя соседнего с переулком старообрядческогоПреображенского кладбища. До 1922 года — 2-й Кладбищенский переулок (в 1987 году в состав переулка был включен и бывший Кладбищенский проезд, который вёл от Преображенского Вала ко входу на кладбище), названный по тому же кладбищу[1][2].
По Ковылинскому переулку не проходит наземный общественный транспорт. На пересечении с улицей Преображенский Вал расположена остановка «Преображенский рынок» трамвайных маршрутов № 2, 11, 36, 46 и автобусного маршрута № 311.
↑Ковылинский переулок // Улицы Москвы. Старые и новые названия. Топонимический словарь-справочник / Е. М. Поспелов. — М.: Издательский центр «Наука, техника, образование», 2003. — 336 с.
↑Васильев Н. Ю., Евстратова М. В., Овсянникова Е. Б., Панин О. А. . Архитектура авангарда. Вторая половина 1920-х — первая половина 1930-х годов. — М.: С. Э. Гордеев, 2011. — С. 308. — 480 с.