В 1784—1811 гг. по проекту архитектора Ф. К. Соколова был построен комплекс зданий в подражание Выгорецкой пустыни. В комплекс зданий входили мужской и женский монастыри.
На Преображенском кладбище и вокруг него Ковылиным были построены дома, магазины, фабрики, молельни. В начале XIX в. прихожан было до 10 тыс. человек, в приютах находилось 1500 человек. Для ограничения деятельности раскольников по указанию императора Николая I3 апреля1854 г. Успенская церковь была переосвящена в Православную. В 1866 мужской двор переселён на женский, где сохранилась старообрядческая община, а на территории бывшего мужского двора открыт Никольский единоверческий монастырь. На Преображенском кладбище находилась богатейшая библиотека сочинений о расколе, собранная купцом А. И. Хлудовым; хранились древние иконы (в том числе 1300 икон, собранных Е. Е. Егоровым), произведения древнерусского искусства. В 1920 все федосеевские молельни, кроме Крестовоздвиженской, закрыты, призреваемые выселены. В начале 1920-х гг. закрыт Никольский единоверческий монастырь. Библиотека Хлудова и часть собрания Егорова переданы в Государственный Исторический музей[1], древние иконы — также в Исторический музей, откуда потом часть из них попала в Третьяковскую галерею и небольшое количество в Музей Коломенское. В 1920-х гг. в здании бывшей монастырской школы и в кельях монастыря открыта трудовая школа, а после размещались различные учреждения, например общежитие завода Радио.
После Великой Отечественной войны Преображенское кладбище стало фактическим центром всего российского беспоповства, там располагались духовные центры трех согласий — старопоморского (федосеевского), брачного поморского (ДПЦ) и филипповского, которому федосеевцы отдали часовню на кладбище.
Долгое время погост был исключительно старообрядческим. На кладбище много купеческих захоронений. На воинском участке захоронены более 10 тысяч бойцов и командиров Красной Армии, в основном умерших от ран в московских госпиталях.
Воинский некрополь Великой Отечественной войны 1941—1945 гг.: Преображенское кладбище. В 2-х тт. / Авт. и сост. Алексинцев В. С., Астахова Л. Н., Васильева Е. В. и др. — М., 1994. — Т. 1: А—К. — 252 с.; Т. 2: Л—Я. — 295 с.
