↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 1 января 2024 года.
↑ Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах.
Матей Выдра — воспитанник клуба «Хотеборш», куда футболист пришёл в возрасте 5 лет. Откуда он в 2003 году перешёл в клуб «Высочина». В сезоне 2007/2008 Выдра играл за вторую команду «Высочины». С зимы 2009 года, в возрасте 16 лет, Матей стал играть за основной состав клуба. 27 марта 2009 года он забил первый мяч за «Высочину», поразив ворота «Усти-над-Лабем»[3]. Всего в первом сезоне за клуб футболист провёл 12 матчей (в которых сыграл 601 минуту) и забил 2 гола. В следующем сезоне он сыграл 15 игр и забил 3 мяча.
В январе 2010 года он перешёл в остравский «Баник» за 20 млн крон[4][5]. В этом клубе Выдра быстро завоевал место в основном составе и забил 4 мяча в 14 играх. За выступления в этом сезоне футболист был назван открытием года в чемпионате Чехии[6].
5 июля 2010 года Выдра перешёл в итальянский клуб «Удинезе», заплативший 4 млн евро за трансфер футболиста[7].
В августе 2011 года перешёл в «Брюгге» на правах аренды, но сыграв всего две игры из-за трамвы вернулся в «Удинезе».
В июле 2012 года, был отдан в аренду в «Уотфорд» на сезон 2012/13. 18 августа 2012 забил свой первый мяч за «шершней» в матче против Кристал Пэлас. За сезон 2012/13 Выдра забил 20 мячей.
13 августа 2013 года был отдан в аренду клубу «Вест Бромвич Альбион» до конца сезона 2013/14.
26 июня 2014 в «Уотфорде» объявили, что им удалось повторно подписать договор аренды с Выдрой на сезон 2014/15. В июле 2015 года «Уотфорд» приобрел Выдру на постоянной основе подписав пятилетний контракт.
В сентябре 2015 года Матей на правах аренды до конца сезона перешёл в «Рединг», с условием выкупа футболиста, если клуб выйдет в Премьер-лигу[8]. На его счету оказалось 3 гола в 31 матче чемпионшипа в течение сезона.
Летом 2016 года форвард подписал контракт с «Дерби Каунти», выступавшем в чемпионшипе. Сумма сделки оценивалась примерно в 8 миллионов фунтов, что было рекордом для «Дерби». В сезоне 2017/18 в рамках Чемпионшипа Выдра провел 42 матча и забил 21 гол, став лучшим бомбардиром турнира.
Летом 2018 года Выдра подписал контракт с клубом АПЛ «Бернли» на три сезона.
В конце 2022 года стал игроком пльзеньской «Виктории», подписав с клубом контракт на 2,5 года[9].