Лучшие годы клуба пришлись на начало XXI века, когда команда регулярно финишировала в верхней части чемпионата Испании, постоянно участвуя в борьбе за попадание в еврокубки (дважды эта борьба увенчивалась успехом). Лучшим результатом в чемпионате является 6-е место в сезоне 1999/00, в котором команда уступила всего три очка вице-чемпиону.
Основанный в 1921 году «Алавес» стал первой в истории командой, поднявшейся из Сегунды в Ла Лигу по итогам сезона 1929/30. После трёх сезонов в высшей футбольной лиги Испании «Алавес» вылетел обратно в Сегунду и в течение 16 лет играл во второй и третьей испанских лигах. В 1954 баскский клуб вновь вернулся в высшую лигу, проведя в ней два сезона. После очередного вылета в Сегунду провёл 42 сезона в низших дивизионах, опускаясь до 4-й испанской лиги (1970—1971, 1986—1990).
В 1997-98 гг. «Алавес» выиграл чемпионат во второй испанской лиге и вернулся в Примеру. В сезоне 1999/2000 команда заняла почётное 6-е место, уступив вице-чемпиону страны всего 3 очка. При этом по ходу сезона баски дважды обыграли «Барселону» (2:1 и 0:1), а дома взяли вверх над «Депортиво» из Ла-Коруньи, ставшим чемпионом страны[1].
Начало XXI века
В сезоне 2000/01 «Алавес» занял более скромное 10-е место в чемпионате Испании, зато впервые в истории сумел добраться до финала Кубка УЕФА. По пути к финалу «Алавес» выбил из борьбы миланский «Интер» и немецкий «Кайзерслаутерн». В финале, состоявшемся 16 мая 2001 года, баски в упорной игре проиграли со счётом 5:4. Основное время завершилось вничью со счётом 4:4, а в дополнительное время Делфи Гели-и-Роура на 117-й минуте встречи срезал мяч в свои ворота. Этот гол принёс победу «Ливерпулю», так как тогда действовало правило «золотого гола».
После ещё двух сезонов в Ла Лиге баскский клуб вновь вылетел в Сегунду. В 2005-06 году «Алавес» вернулся в высший чемпионат, но всего на один сезон, заняв по его итогам 18-е место. Следующие 10 лет баскский клуб провёл, играя во второй и третьей испанских лигах, после чего вернулся в высший дивизион.
Триумфальное возвращение
В сезоне 2016/17 «Алавес» произвёл настоящий фурор, став серьёзной проблемой для грандов. Баски сумели отобрать очки у всех лидеров чемпионата за исключением мадридского «Реала», а победа над «Барселоной» на «Камп Ноу» (1:2) стала одной из главных неожиданностей турнира. На протяжении сезона «Алавес» демонстрировал дисциплинированную и слаженную игру, особенно в обороне. В результате команда заняла 9-е место[2]. Помимо яркого выступления в чемпионате «Алавес» сумел дойти до финала Кубка Испании. В полуфинале баски выбили из розыгрыша «Сельту», делавшую ставку именно на Кубок страны (1:0, 0:0). В финале «Алавес» по всем статьям уступил «Барселоне» со счётом 3:1.
В сезоне 2017/18 «Алавес» занял в испанской Примере скромное 14 место (из 20), забив 40 голов и пропустив 50 в 38 матчах. В сезоне 2018/19 клуб занял 11 место и набрал ровно 50 очков, а в кубке на стадии 1/16 финала по сумме двух матчей уступил «Жироне». В сезоне 2019/20 «Алавес» занял 16-ое место набрав 39 очков, а в кубке проиграл в первом раунде футбольному клубу из четвёртого дивизиона «Реал Хаэн». В сезоне 2020/21 «Алавес» второй раз подряд занял 16-ое место и набрал на одно очко меньше чем в прошлом сезоне, а в кубке на стадии 1/16 финала проиграл «Альмерии» со счётом 5:0. В кубке Испании 2021/22 клуб вылетел на стадии второго раунда от «Линарес Депортиво» со счётом 2:1.
Очередной вылет и возвращение
По окончании сезона 2021/2022 «Алавес» занял последнее 20-ое место, набрав 31 очко и в связи с этим выбыл в Сегунду. В следующем сезоне во втором дивизионе Баски набрали 71 очко и заняли 4-ое место тем самым заслужили право вернуться в первый дивизион через стыковые матчи. В первый полуфинальный стыковой матч между «Алавесом» и «Эйбаром» закончился со счётом 1:1, а второй закончился 2:0 в пользу команды басков[3]. В финале плей-оффа за повышение «Алавес» встретился с «Леванте». Первый матч закончился нулевой ничьей, во втором матче как и в случае с первой игрой, основное время завершилось нулевой ничьей и только на 9-й минуте добавленной ко второму дополнительному тайму был забит единственный гол — нападающий баского клуба Вильялибре реализовал пенальти в ворота соперника[4]. В розыгрыше кубка Испании «Алавес» уступил «Севилье» с минимальным счётом 0:1 на стадии 1/8 финала.
