Acaba formando uma bacia hidrográfica de mesmo nome, maior em extensão, que tem importância estratégica pois abastece de água potável vários municípios da região conhecida como Grande Florianópolis[1][2].
Suas nascentes mais distantes se originam nas encostas orientais das serras da Boa Vista e da Garganta (Águas Mornas), além da serra do Tabuleiro.[1] De acordo com as cartas topográficas do IBGE, o rio Cubatão começa no encontro entre os rios do Salto e Novo e desemboca na baía Sul, em Palhoça.[3][1] Sua localização precisa é 27°35'50 S e 48°38'24 W.
Seus principais afluentes são os rios dos Bugres, Forquilhinha e Matias, na margem norte, e os rios das Antas, Ribeirão Vermelho, das Águas Claras e Vargem do Braço ou Pilões, na margem sul. Apresenta declividade de 67%, desde a sua mais alta nascente a 700 metros até os primeiros cinco quilômetros do seu percurso superior a 11% de declividade média, deste ponto até a foz.
Bacia hidrográfica do Rio Cubatão do Sul
A bacia banhada pelo rio tem área da 738 quilômetros quadrados, sendo que 342 quilômetros quadrados estão dentro do Parque Estadual da Serra do Tabuleiro, unidade de conservação ambiental.[1] Na sua nascente, caracterizam rochas sedimentares pouco resistentes, enquanto na maior parte do seu curso existem rochas cristalinas mais antigas e bastante erodidas.
No trecho em que passa na cidade de Santo Amaro da Imperatriz há corredeiras utilizadas para a prática do rafting. Os turistas percorrem três quilômetros e meio desde o Poço Azul do Salto até o início de Santo Amaro, durante uma hora e meia. As principais corredeiras são: Carrossel, Babilônia, Via Americana, Calcanhar da Imperatriz, Saco Grande, Corredeira do Saco, Corredeira do S, Surf do Caldeirão e a Corredeira Hide-Side.[carece de fontes?]
Problemas ambientais
As condições naturais da bacia do rio Cubatão há em muito foram modificadas pela ação do ser humano, incrementando o ritmo da erosão, ocasionando o assoreamento de baixadas e mesmo da própria baía Sul, que se observa nas imagens de satélite através da mancha de sedimentos em suspensão que adentra pela baía. [carece de fontes?]
Entre os principais problemas enfrentados pelo rio Cubatão do Sul, figuram: o extrativismo vegetal e desmatamentos para a ampliação da área agrícola, fabricação de carvão e comércio de madeiras; o uso desordenado de agrotóxicos, o lançamento de esgotos de origem humana e animal e de lixo doméstico e hospitalar, a extração desordenada de areia para construção civil.
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