A reforma dos capuchinhos se deu por volta de 1525, quando Matteo da Bascio, originário da região de Marche, na Itália, um Franciscano Observante, se deu conta de que a regra não estava sendo vivida na radicalidade e que a roupa vestida pelos Franciscanos não era do mesmo tipo que a vestida por São Francisco de Assis. Assim, ele fabricou um capuz pontudo e começou a andar como um itinerante. Logo após se juntaram a ele o frei Ludovico de Fossombrone e seu irmão, frei Rafael Tenaglia. O primeiro era presbítero, e foi quem proporcionou a realização da Reforma. Nessa época a Ordem dos Menores já estava dividida entre Franciscanos Conventuais e Franciscanos Observantes, pela bula "ite vos" do Papa Leão X.
Seus superiores tentaram suprimir essas inovações, mas em 1528 conseguiram obter uma bula do Papa Clemente VII. Foi-lhes dada a permissão de viver como eremitas, de vestir-se com o novo hábito, usarem barba, além de gozarem dos mesmos direitos dos camaldulenses. Essas permissões não foram dadas somente a eles, mas também a todos que quisessem se juntar aos mesmos, a fim de restaurarem a obediência à Regra de São Francisco.
Os Franciscanos Observantes se opuseram ao movimento, mas os Conventuais o apoiaram, de modo que os primeiros reformadores capuchinhos se juntaram em um movimento que se intitulou Frades Menores de Vida Eremítica, ligada aos Franciscanos Conventuais, mas com vigário próprio, embora sujeito à jurisdição do Geral dos Conventuais.
O nome popular de Capuchinho deriva do nome do capuz usado por eles (capuccino), no início foi como um apelido depois se tornou o nome oficial da reforma.
Capuchinhos no Brasil
Os Capuchinhos se instalaram oficialmente no Brasil em 1642, estabelecendo-se primeiramente em Olinda-PE e depois em Recife-PE, onde se encontra o Convento da Penha que é o convento capuchinho mais antigo do Brasil.
Sem considerar na história oficial das missões no Brasil a sua participação, entre 1612 e 1615, na tentativa de criação da França Equinocial, adota-se a data em que foram capturados pelos holandeses em São Tomé (São Tomé e Príncipe) e trazidos para o Brasil, ao território da atual Província dos Capuchinhos do Nordeste, onde Maurício de Nassau, tolerante, lhes permitiu o trabalho missionário. A presença da Ordem teria uma grande influência local. São os capuchinhos os fundadores da aldeia de Nossa Senhora dos Remédios do Rio de Contas (1657), núcleo da atual cidade de Itacaré.
A ordem foi bastante ativa entre 1670 e 1700, como demonstra a relação das aldeias de franciscanos capuchinhos no rio São Francisco e suas missões no curso inferior do rio. Ficaram famosos nomes como o dos frades Martin de Nantes, Bernard de Nantes, François de Domfront, Anastácio de Audierne, José de Chanteugontier ou Chateaugontier, entre outros.
Nas aldeias, as relações entre os índios, os portugueses reinóis e os negros eram complexas, muito mais do que as relações exclusivas entre índios e padres. Em 1740, as aldeias entraram em crise, com fugas e rebeliões indígenas. Já não contavam mais com a proteção da poderosa família de Garcia d´Ávila. Perderam em 1759 definitivamente a administração das aldeias.
São remanescentes desses trabalhos realizados em terras pernambucanas os estimados freis da Província de Nossa Senhora da Penha do Nordeste do Brasil, que realizaram muitas ações pela população local. Ícone desse apostolado nordestino foi o frei Damião de Bozzano, que pregou incansavelmente Santa Missões nos estados de Pernambuco; Paraíba; Alagoas; Rio Grande do Norte e Ceará.
Os Capuchinhos no Rio Grande do Sul
No dia 18 de janeiro de 1896, chegaram em Garibaldi os primeiros frades Capuchinhos no Rio Grande do Sul: frei Bruno de Gillonnay e frei Leão de Montsapey. Eram franceses da Sabóia, província restaurada em 30 de janeiro de 1841, após as perseguições da Revolução Francesa. A missão original era atender os imigrantes italianos. O espírito missionário e campo de ação apostólica expandiram-se geograficamente. Em seguida, no dia 18 de junho de 1898, foi aberto o primeiro seminário para acolher vocações nativas.
As missões populares, a ação paroquial, o espírito missionário, a pregação popular, a alegria franciscana, a simplicidade de vida, as devoções religiosas, a disponibilidade contínua para atender as necessidades, desencadearam um movimento multiplicador de vocações e frentes apostólicas. No dia 24 de julho de 1942, tornou-se província, com abrangência no estado do Rio Grande do Sul e pequena parte de Santa Catarina.
A Província Sagrado Coração de Jesus, Rio Grande do Sul, tornou-se numericamente sólida e geograficamente abrangente. Esteve presente em São Paulo, Portugal, África, Nicarágua e França. Fundou a Província Nossa Senhora de Fátima, no Brasil Central. Mantém a Custódia São Francisco de Assis, Brasil Oeste, Mato Grosso e Rondônia, e a Frente Missionária no Haiti, recentemente.