Em 1402, por iniciativa de alguns habitantes, foi construído um cenóbio para acolher eremitas da pobre vida, que depois se integrariam na Ordem de São Jerónimo.
Em 1556, Carlos I de Espanha (V do Sacro Império) decide retirar-se para um convento e adotar a vida monástica, para o que elegeu o mosteiro de Yuste. Foram então levadas a cabo grandes obras para ampliar as escassas dependências com que contava então o mosteiro, as quais eram insuficientes para alojar o imperador e as 60 ou 70 pessoas do seu séquito pessoal.
A casa-palácio constava de dois pisos com quatro apartamentos cada um, em redor de um pátio interior. Os alojamentos do imperador situavam-se junto ao coro da igreja, o que lhe permitia assistir aos ofícios religiosos no seu quarto, sentado no seu cadeirão, onde permanecia prostrado devido à grave afeção de gota de que padecia. Durante a estadia do imperador em Yuste, passaram pelo local numerosas personalidades da corte para o visitarem, entre elas o próprio rei Filipe II.
Carlos V morreu em 21 de setembro de 1558 no mosteiro. Foi enterrado na igreja, tendo os seus restos mortais sido posteriormente trasladados para o panteão real do Mosteiro de São Lourenço do Escorial, perto de Madrid, cumprindo o desejo do seu filho Filipe II.
Durante a Guerra da Independência Espanhola (Guerra Peninsular), no princípio do século XIX, as dependências do convento foram incendiadas tendo ficado praticamente destruídas. Os frades jerónimos foram expulsos e posteriormente, com a desamortização de Mendizábal, o mosteiro foi leiloado, o que marcou um período de abandono e deterioração do edifício.
Em 1949 a Direção Geral de Belas Artes iniciou a reconstrução do mosteiro, procurando respeitar ao máximo o desenho e projetos originais.
Conjunto arquitetónico
O conjunto arquitetónico é composto de duas partes claramente diferenciadas: o convento propriamente dito e a residência do imperador. Por sua vez o convento é composto por uma igreja, situada no centro, um claustro gótico e outro chamado "claustro novo", de estilo renascentista. A igreja e o claustro gótico datam do século XV, enquanto que as restantes construções são do século XVI.
A igeja tem uma só nave e uma cabeceira poligonal. Comunica com o claustro gótico, o qual é de planta retangular e tem dois pisos. As galerias do claustro têm uma cobertura plana de madeira. A organização do claustro renascentista é semelhante à do gótico.
A residência de Carlos V é uma construção simples, na qual os materiais predominantes são o ladrilho, alvenaria e silhar, sem quaisquer elementos decorativos. O piso principal estrutura-se é composto de um corredor central com dois apartamentos de cada lado. Na ala da esquerda encontra-se a antecâmara e a alcova de Carlos V, que comunica com a igreja. Os apartamentos à direita têm janelas para a horta e jardim e aí se sitou um refeitório e sala de audiências.
Entre o mobiliário da residência régia, destaca-se um cadeirão construída especialmente para o monarca, que sofria de gota. Também é de mencionar um relógio de bronze e prata fabricado em 1562 por Jeremías Metzger.
O mosteiro está classificado como Monumento Nacional desde 1931 e como Património Nacional desde 6 de setembro de 2004[1] e foi declarado Património Europeu numa cerimónia oficial realizada em março de 2007.[2]
↑«Real Decreto 1867/2004, de 6 de septiembre». www.boe.es (em espanhol). Agencia Estatal Boletín Oficial del Estado. 6 de setembro de 2004. Consultado em 23 de outubro de 2010. Arquivado do original em 7 de abril de 2010
«Monasterio de San Jerónimo de Yuste». Revista arteHistoria (www.artehistoria.jcyl.es) (em espanhol). Junta de Castilla y León. Consultado em 23 de outubro de 2010. Arquivado do original em 27 de janeiro de 2008
«El Monasterio de Yuste». www.revistaiberica.com (em espanhol). Editorial Ocitur. Consultado em 23 de outubro de 2010. Arquivado do original em 24 de novembro de 2010
«Monasterio de Yuste». www.arteguias.com, Rutas del arte románico y medieval en España (em espanhol). Arteguias de la Garma S.L. Consultado em 23 de outubro de 2010