Fundado em 16 de maio de 1928, o Esporte Clube Internacional nasceu como resultado de várias reuniões no extinto Café Guarany entre um grupo de jovens que praticavam o foot-ball. A primeira diretoria, segundo jornais da época era composta por Carlos Peixoto (Presidente Honorário), Romano Franco (Presidente Efetivo), Antonio Lozza (Vice-Presidente), Marcino Castilho (1º Secretário), José Sfredo Sobrinho (2º Secretário), Luiz Cechella (1º Tesoureiro), José B. Lozza (2º Tesoureiro), Francisco Callage (Orador), Victorino Pereira da Silva (Capitão Geral), Miguel Pereira Gomes, Raphael Voto, Cícero M. Fontoura, Olavo Castagna, Paulo Domingues, José Carlos Almeida, Pedro Mothcy, João Fernandes e Santos da Silva Gomes.
Segundo Nelson Gündel, ex-dirigente e ex-jogador, por sugestão de Érico Weber – um dos fundadores – o clube nasceu com as cores da bandeira alemã – preto, amarelo e vermelho. Com os primeiros sinais da Segunda Guerra Mundial, pressentindo problemas pelas movimentações alemãs, o próprio Érico sugeriu ao então presidente Antonio Lozza que o preto e o amarelo fossem pelo branco. Dessa forma, o clube assumiu as cores defendidas até hoje. Sobre o nome, Gündel diz que a opção por Internacional se deve à sugestão de Victorino Pereira da Silva, que, à época, almejava fundar um clube que superasse os ferroviários do Riograndense Futebol Clube – o mais forte da cidade até então. Como parte desta aspiração optou por um nome de maior abrangência – Internacional.
A primeira partida da história do Internacional ocorreu em 19 de agosto de 1928, vitória por 2 a 0 para o Militar Foot-Ball Club. O primeiro gol da história do clube foi marcado na partida seguinte, dia 30 de setembro de 1928, na derrota por 2 a 1 para o Gaúcho Foot-Ball Club. A primeira vitória do Internacional só ocorreu em sua terceira partida: 4 a 1 sobre o União de Jacuhy (atual cidade de Sobradinho), em 25 de novembro de 1928. O Internacional jogou com: João; Nenê e Graxa; Gomes, Monte e Asbu; Gury, Gama, Jango, Ribeiro e Tabica. Os gols do clube foram marcados por Jango (2), Monte e Ribeiro.
Na primeira partida oficial, válida pelo Torneio Início de 1930, o colorado santa-mariense venceu o 7 de Setembro por 1 a 0, no Estádio dos Eucaliptos, no dia 13 de maio daquele ano. O gol foi anotado por Tabica.
Em 1931, o Internacional conquistou o seu primeiro troféu, em uma partida amistosa contra o Brasil (vitória do Inter-SM por 5x2). Três anos mais tarde, venceu seu primeiro campeonato oficial: o Citadino de Segundos Quadros de Santa Maria.
No dia 12 de maio de 1940, o Internacional venceu pela primeira vez o seu maior rival, o Riograndense por 1x0, gol marcado por Navalha. Com a equipe principal, o primeiro título foi o Campeonato Citadino de Santa Maria de 1942. Na sequência, o clube conseguiria dois tricampeonatos de Santa Maria (1944/1945/1946 e 1949/1950/1951).
No ano de 2002, na tentativa de se desassociar do Sport Club Internacional e criar uma identidade própria, o clube muda seu nome para Santa Maria Esporte Clube, seu escudo e suas cores para cinza e amarelo. Essa mudança ocorreu durante a disputa da série B do gauchão de 2002, sendo revertida em 2003.[3]
No dia 29 de setembro de 2007, após sete anos participando da segunda divisão estadual, a equipe comandada por Bebeto Rosa regressou à Primeira Divisão do campeonato estadual vencendo o EC Pelotas por 2 a 1 na Baixada Melancólica com os gols de Cirilo e Alê Menezes[3]. Acabou rebaixado na temporada de 2011[6].
Participou da primeira divisão do futebol brasileiro em 1982[12]. Ficou em último lugar no grupo I, mas conseguiu uma vitória histórica de 3x0 sobre o Vasco da Gama jogando em casa. Finalizou o campeonato no 22º lugar.[13]
Participou da Série C na temporada de 1988, sendo eliminado na primeira fase, quando finalizou na última posição do grupo K[15].
Na temporada de 1997, participou novamente da série C. Após se classificar em segundo lugar no grupo 14 pela primeira fase do campeonato[16], foi eliminado pelo União Bandeirante na segunda fase.[17]
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