A Copa Sul-Americana de 2006 foi a quinta edição do torneio de futebol realizado no segundo semestre de cada ano pela Confederação Sul-Americana de Futebol (CONMEBOL). Equipes das dez associações sul-americanas mais o México e a Costa Rica participaram do torneio.[2]
O campeão do torneio foi o mexicano Pachuca, que venceu o chileno Colo-Colo pelo placar de 2–1, em pleno Estádio Nacional, em Santiago.[3] Com isso enfrentou o Internacional, campeão da Copa Libertadores da América de 2006, na decisão da Recopa Sul-Americana de 2007.[4]
O sorteio das partidas aconteceu em 1 de maio.[5]
A fase final foi disputada entre 26 de setembro e 13 de dezembro.[6]