A área que é hoje o Condado de San Diego foi habitada por mais de 10 mil anos por índios Kumeyaay (também chamado Diegueño), Luiseño, Cupeño e Cahuilla.
O condado foi incorporado em 1850 como um dos 27 condados originais da Califórnia. Foi nomeado em homenagem à Baía de San Diego, que tinha sido rebatizada em 1602 por Sebastián Vizcaíno, em honra do Santo franciscanoDiogo de Alcalá, em espanhol conhecido como San Diego de Alcalá de Henares.
Conforme criado originalmente em 1850, o Condado de San Diego era muito grande e incluía a maior parte do sudeste da Califórnia e do leste do Condado de Los Angeles. Sendo assim, incluía as principais áreas do que são agora os Condados de Inyo, San Bernardino, Riverside e Imperial.
O final do século XIX testemunhou inúmeros realinhamentos nas fronteiras do condado. As mudanças mais recentes foram a criação do Condado de Riverside, em 1893, e do Condado de Imperial, em 1907.
O Norte do Condado de San Diego é conhecido localmente como "North County", sua definição geográfica exata varia, mas inclui os subúrbios do norte e, por vezes, alguns bairros ao norte da cidade de San Diego.
Os subúrbios localizados no leste do condado são conhecidos coletivamente como "East County". Os subúrbios do sul e a parte isolada do sul da cidade de San Diego, estendendo-se até à fronteira mexicana, são referidos coletivamente como "South Bay".
O Condado de San Diego possui 18 reservas indígenas reconhecidas pelo governo federal, mais do que qualquer outro condado do país.[7] Embora sejam de tamanho típico em relação a outras reservas indígenas da Califórnia (muitas das quais são chamados de "Rancherías"), são relativamente pequenas para os padrões nacionais, e todas juntas possuem um total de 518,5 km² de área.
Possui 1 228 505 residências que resulta em uma densidade de 112,7 residências/km² e um aumento de 5,5% em relação ao censo anterior. Deste total, 5,7% das unidades habitacionais estão desocupadas. A média de ocupação é de 2,7 pessoas por residência.
Censo 2010
Segundo o censo nacional de 2010,[8] o condado possuía uma população de 3 095 313 habitantes e uma densidade populacional de 283,9 hab/km². Haviam 1 164 786 residências que resultava em uma densidade de 106,8 residências/km².
Das 18 localidades incorporadas no condado, San Diego era a mais populosa, com 1 307 402 habitantes, o que representava 42% da população total, enquanto National City era a mais densamente povoada, com 3 107 hab/km². Del Mar era a menos populosa, com 4 161 habitantes. De 2000 para 2010, a população de San Marcos cresceu 52% e a de Coronado reduziu em 21,5%. Apenas 4 cidades possuíam população superior a 100 mil habitantes.
Censo 2000
Segundo o censo nacional de 2000, existiam 994 677 residências das quais 33,9% tinham crianças com menos de 18 anos, 50,7% eram ocupadas por um casal, 11,6% eram famílias regidas por mulheres sem marido e 33,3% não se agrupavam em família. Residências ocupadas por apenas um indivíduo representavam 24,2% e 7,9% tinham uma única pessoa com 65 anos ou mais de idade. Cada residência era ocupada por 2,73 pessoas, em média; e o tamanho médio de uma família era de 3,29 pessoas.