Carlota Joana de Waldeck-Wildungen (em alemão: Charlotte Johanna; Arolsen, 13 de dezembro de 1664 — Hildburghausen, 1 de fevereiro de 1699) foi uma filha do conde Josias II de Waldeck-Wildungen e da sua esposa, Guilhermina Cristina, filha do conde Guilherme de Nassau-Hilchenbach.
A 2 de dezembro de 1690, em Maastricht, Carlota Joana casou-se com o duque João Ernesto IV de Saxe-Coburgo-Saalfeld. Juntos tiveram oito filhos:
Através de Francisco Josias, Carlota Joana era antepassada do rei Leopoldo I da Bélgica e da rainha Vitória do Reino Unido.