Historia istnienia marki sięga roku 1859, kiedy to w Pilźnie założone zostały zakłady metalowe, które w 1869 roku przejęte zostały przez Emila Škodę od hrabiego Arnosta Waldsteina. Początkowo zajmowały się przemysłem metalowym, a następnie zbrojeniowym. W 1900 roku po śmierci Emila Škody, zakłady należały do największych przedsiębiorstw produkcyjnych na terenie Austro-Węgier. Po I wojnie światowej zakłady zaczęły opuszczać pierwsze samochody. W 1923 roku podpisana została umowa o współpracy z hiszpańską firmą Hispano-Suiza. Rok później zakłady w Pilźnie opuścił pierwszy samochód – model 25/100[1].
18 grudnia 1895 roku w Mladej Boleslavi rozpoczęła swoją działalność inna firma, założona przez mechanika Václava Laurina i księgowego Václava Klementa pod nazwą Laurin & Klement. Początkowo zajmowała się ona naprawą, a następnie produkcją rowerów pod nazwą Slavia[2]. W 1898 roku fabrykę opuścił pierwszy motocykl. W 1901 roku zbudowany został prototyp auta, który oficjalnie gotowy był dopiero w 1905 roku. Nosił on nazwę Voiturette i wykonany został w liczbie 44 egzemplarzy[1]. W 1907 roku przedsiębiorstwo przekształciło się w spółkę akcyjną, a do gamy modelowej dołączył Laurin & Klement F z 2,5 l silnikiem o mocy 21 KM. Rok później zaprezentowano wersję rajdową modelu oraz mniejszy model G. Do czasu fuzji ze Škodą firma wypuściła jeszcze modele S i M, a także zajęła się produkcją ciężarówek, autobusów, silników lotniczych, maszyn rolniczych, walców oraz w okresie I wojny światowej także uzbrojenia[1].
W latach 20. XX wieku firma Laurin & Klement zaczęła szukać strategicznego partnera. W 1924 roku zakłady Laurin & Klementa zniszczył pożar[3]. W 1925 roku doszło do fuzji z koncernem Škoda z Pilzna. Rok później podczas międzynarodowej wystawy samochodowej w Pradze zaprezentowano pierwsze auto z Mladej Boleslavi ze znaczkiem Škody. Był to model 150. Samochody produkowano dalej pod marką Škoda. W 1930 roku produkcja pojazdów oparta została na linii montażowej dzięki czemu nowe auta koncernu sprzedawane mogły być w niskich cenach[1].
Podczas II wojny światowej zakłady włączone zostały do gospodarki III Rzeszy (wcielone do koncernu: Reichswerke Hermann Göring), a produkcję dostosowano niemal w całości do potrzeb militarnych. Fabrykę opuszczały wówczas m.in. gotowe skrzydła samolotów, silniki do ciągników, wały korbowe, koła zębate, magazynki oraz granaty artyleryjskie. W latach powojennych przedsiębiorstwo przekształcone zostało w narodowe zakłady AZNP Mladá Boleslav, które stały się monopolistą na czechosłowackim rynku popularnych aut osobowych, produkowanych pod marką Škoda[1]. Po upadku komunizmu nawiązano współpracę z niemieckim koncernem motoryzacyjnym Volkswagen AG, który 16 kwietnia 1991 roku nabył 30% udziałów spółki. Kilka lat później koncern dokupił kolejne 30% udziałów w spółce, a w 2000 roku stał się jedynym akcjonariuszem spółki, która od 1998 roku nosi nazwę Škoda Auto[1].
Aby uniknąć polskich ograniczeń celnych, w 1994 roku rozpoczęto montaż samochodów marki Škoda w fabryce Volkswagen Poznań, początkowo w standardzie SKD, a następnie w bardziej zaawansowanym CKD. Montowano tam modele Favorit (sierpień 1994 – marzec 1995), Felicia (wiosna 1995 – zima 2001), Octavia I (1997–2002), Fabia (kwiecień 2000–2002) oraz użytkowy model Pick-up (1998–2001).
Po rozpoczęciu w pierwszej połowie 2007 produkcji w Chinach, w listopadzie marka weszła także na rynek australijski, początkowo z modelami Octavia II oraz Roomster. W 2014 roku roczna sprzedaż Škody przekroczyła milion sztuk[4].