W sezonach 1961/1962 – 1966/1967 rozgrywano fazę grupową i fazę pucharową
W sezonach 1967 – 1994 rozgrywano tylko fazę grupową
Od sezonu 1994 roku Puchar Intertoto oficjalnie przejęła pod kontrolę UEFA (wcześniej UEFA nie uznawała tych rozgrywek) a same rozgrywki stały się w istocie kwalifikacjami do Pucharu UEFA.
W 2008 roku zaprzestano rozgrywania Pucharu Intertoto
Puchar Intertoto był nazywany też pucharem Karla Rappana od nazwiska jego pomysłodawcy.
Puchar Intertoto bywał też nazywany Pucharem Lata.
↑Ruch Chorzów awansował po bramce zdobytej na wyjeździe.
↑Slaven Belupo Koprivnica awansowała dzięki bramce zdobytej na wyjeździe.
↑ abPierwszy mecz został przerwany po I połowie przy stanie 2:0 dla Vėtry Wilno, w związku z zachowaniem pseudokibiców Legii Warszawa (ostatecznie zweryfikowany jako walkower 3:0). Rewanżowy mecz został odwołany, w związku z decyzją UEFA o wykluczeniu polskiego klubu z rozgrywek.
↑Polski Związek Piłki Nożnej podjął decyzję, iż w miejsce Dyskobolii Grodzisk Wielkopolski, która zrezygnował z prawa startu w europejskich pucharach w sezonie 2008/2009, do najbliższej edycji Pucharu UEFA zostanie zgłoszony Lech Poznań (4. miejsce), a do Pucharu Intertoto – Cracovia, która zajęła 7. miejsce w sezonie 2007/08.