Był jednym z pięciorga dzieci amerykańskiego kongresmena Jonathana Hunta (1787–1832). Trzy lata uczył się w Harvard College i w 1844 r. wyjechał z matką i rodzeństwem do Europy. W 1845 r. wstąpił do Akademii w Düsseldorfie, ale już w następnym roku opuścił uczelnię. Począwszy od 1846 r. uczył się malarstwa u Thomasa Couture w Paryżu. W 1851 r. zobaczył w paryskim Salonie obraz Jean-François MilletaSiewca i pod jego wpływem stał się zwolennikiem i propagatorem szkoły z Barbizon[2].
Hunt powrócił do Stanów Zjednoczonych w 1854 r., a dwa lata później przeniósł się do Newport w stanie Rhode Island. W 1862 r. osiadł na stałe w Bostonie, gdzie zdobył uznanie głównie jako twórca portretów. Oprócz nich malował także pejzaże, nie ograniczał się jednak do malarstwa olejnego, zajmował się też litografią i rzeźbą. W 1872 r. w czasie wielkiego pożaru w Bostonie spłonęła jego pracownia, a wraz z nią liczne prace oraz kolekcja obrazów przywiezionych z Francji. W 1878 wydał w Londynie książkę Talks about Art. Pod koniec życia wykonał dwa duże murale w New York State Capitol w Albany[3].
Artysta przyczynił się do rozpropagowania sztuki francuskiej w Stanach Zjednoczonych, szczególnie cenił Milleta i Gustava Courbeta. Odrzucał założenia tradycyjnej amerykańskiej szkoły Hudson River, przez co narażał się na ostrą krytykę środowisk akademickich. Wspólnie z Elihuem Vedderem (1836-1923), Albionem Harrisem Bicknellem (1835-1915), Edwardem C. Cabotem (1818-1901) i Martinem Brimmerem (1830-1896), kolekcjonerem i założycielem Boston's Museum of Fine Arts, założył klub Allston. Wśród jego uczniów byli John La Farge (1835-1910), William, Henry, James i Sarah Wyman Whitman. Hunt kształcił również kobiety, za co go potępiano (były to m.in. Maria Oakey Dewing (1845-1927), Elizabeth Boot Duveneck (1846-1888) i Ellen Day Hale (1855-1940))[1].
Malarz zmarł w niewyjaśnionych do końca okolicznościach na wysepce Appledore w archipelagu Isles of Shoals położonym u wybrzeży stanów Maine i New Hampshire. W czasie samotnego spaceru utopił się w stawie, prawdopodobnie zasłabł i wpadł do wody, ale podejrzewano również samobójstwo. Jego ciało znalazła przyjaciółka, poetka i pisarka Celia Thaxter, która gościła go w swoim domu. Hunt był w złym stanie psychicznym i najprawdopodobniej od lat cierpiał na chorobę afektywną dwubiegunową[4].
Dwie dekady po śmierci Hunta, jego była uczennica Helen Mary Knowlton opublikowała biografię malarza zatytułowaną The Art-Life of William Morris Hunt[6].