Studiował prawo na Uniwersytecie Mount St. Mary i w St. John’s College (obecnie Fordham University). W latach 1856–1857 przebywał w Europie, krótko studiował malarstwo w Paryżu pod kierunkiem Thomasa Couture. W Anglii zetknął się z twórczością prerafaelitów i zapoznał się ze zbiorami dzieł starych mistrzów. Po powrocie do Ameryki osiedlił się w Newport na Rhode Island i postanowił całkowicie oddać się sztuce. Początkowo studiował z malarzem Williamem Morrisem Huntem, dzięki któremu mógł rozwinąć swoje umiejętności. W 1861 ożenił się z Margaret Mason Perry, siostrą malarki Lilly Cabot Perry.
John La Farge był wszechstronnym artystą, największą popularność przyniosły mu projekty witraży i malarstwo ścienne zdobiące wiele amerykańskich kościołów i budynków publicznych m.in. w Buffalo, Nowym Jorku, Bostonie i Worcester. Artysta zdołał dorównać przepychowi średniowiecznych witraży, wprowadził też wiele innowacji, takich jak zastosowanie opalizującego szkła czy nowych metod montażu[2].
La Farge dużo malował, posługiwał się klasyczną techniką olejną, tworzył akwarele i ilustracje dla prasy. Malował pejzaże, martwą naturę i portrety, poruszał również tematykę orientalną. W 1886 odwiedził Japonię, a w latach 1890–1891 odbył podróż po wyspach południowego Pacyfiku. Plonem tych wypraw były liczne obrazy, akwarele oraz wydane wspomnienia.
Artysta był autorem ośmiu książek i licznych esejów poświęconych sztuce, prowadził również cieszące się dużym powodzeniem wykłady. W 1904 został jednym z pierwszych członków American Academy of Arts and Letters, działał w najważniejszych organizacjach artystycznych Ameryki, a rząd francuski przyznał mu Legię Honorową. Jego najbliższymi przyjaciółmi byli malarz William Morris Hunt i historyk Henry Adams.
Zmarł w 1910, został pochowany na Green-Wood Cemetery w Brooklynie[3].