W Wittenberdze prowadził wykłady na temat dzieł Cycerona i pism św. Pawła, zapewniły mu one rozgłos i sławę uczonego. Dzieła Cycerona znał na pamięć.
W latach 1525–1527 objął rektorat w szkole w Złotoryi. Dwa lata później przeniósł się na uniwersytet w Legnicy, jego miejsce w Złotoryi zajął Johannes Longus.
Po upadku legnickiego uniwersytetu Trozendorf wrócił do Wittenbergi.
Po zwycięstwie luteranizmu w księstwie legnicko-brzeskim, Trozendorf ponownie objął stanowisko rektora w Złotoryi (1531).
W 1546 roku szkoła cieszyła się europejską sławą, wśród kilkuset (500-600, według innych źródeł[jakich?] nawet do tysiąca) uczniów byli m.in. Niemcy, Polacy, Ślązacy, Czesi, Węgrzy i Litwini. Planowano się także jej przekształcenie w uniwersytet, czemu sprzyjał Fryderyk II.
Zaraza w roku 1553 i pożar Złotoryi w 1554 zniweczyły te plany. 30 lipca 1554 Fryderyk III nakazał przenieść szkołę do Legnicy, pozwalając na pozostanie w Złotoryi jednego nauczyciela.
Trozendorf uważał, że młodzież może dojść do wysokich godności i stanowisk poprzez pracowitość i posłuszeństwo. Kierując się tą ideą, stworzył specjalną strukturę organizacyjną, republikę szkolną, korzystając z wzorców starożytnego Rzymu w okresie republiki.
Uczniów podzielił na sześć klas, a te na mniejsze oddziały – ordines lub tribus. Każda z klas miała swoich "urzędników" pełniących funkcje porządkowe i nadzorcze:
ekonomowie – utrzymywali porządki domowe (budzenie, nadzór nad odpowiednim ubraniem się, udaniem się na modlitwę, wyjściem na posiłki i lekcje, sprawdzanie porządku)
eforowie – pilnowali porządku przy stole, którym podlegali discoforowie
discoforowie – ich zadaniem była obsługa przy stole
kwestorowie – mieli nadzorować przebieg nauki
cenzorzy – sprawowali nadzór nad obyczajnym zachowaniem się.
Spośród najzdolniejszych uczniów Trozendorf powoływał zarząd szkolny (magistratus scholasticus), składającego się z 12 senatorów i 2 cenzorów, na czele których stał konsul.
W szkole funkcjonował też sąd uczniowski, złożony ze starszych uczniów. Sprawy rozpatrywane przez ten sąd dotyczyły m.in. niestosownego zachowania się, waśni narodowościowych i stanowych między uczniami, używanie języka niemieckiego zamiast łaciny. Oskarżenie wnosili cenzorowie, mowę oskarżycielską wygłaszał rektor. Po mowie oskarżycielskiej głos zabierał oskarżony. Werdykt zapadał poprzez głosowanie. Orzekane kary: pieniężne, karcer, kary cielesne, pręgierz.
Porządek szkolny (niem.Schulordnung) składał się z następujących części:
Ustawy zasadnicze
O pobożności
O studiach
O obyczajach
Wśród ustaw zasadniczych pierwszy ustęp zaczynał się od cytatu z Wergiliusza: Tros Tyriusque mihi nullo discrimine agetur (Trojanie i Tyryjczycy nie będą u mnie rozróżniani). Porządek szkolny zjednywał w prawach uczniów wszystkich narodowości, kolejne zasady nakazywały także zrównanie w prawach uczniów różnych stanów ("Szlachcic składa swe przywileje, stając się uczniem").
"O studiach" – nakazuje pilne uczenie się, odrabianie lekcji, przestrzegania dyscypliny; zakazuje ponadto stosowanie języka niemieckiego, wszyscy mają mówić po łacinie, także między sobą.
