Od 1946 pracował w Akademii Lekarskiej, w 1950 przemianowanej na Medyczną w Gdańsku. Zorganizował i kierował Katedrą Medycyny Sądowej. W latach 1948–1951 pełnił funkcję dziekana Wydziału Lekarskiego, zaś 1956-1962 - rektora. Był członkiem Międzynarodowej Akademii Medycyny Sądowej i Społecznej w Brukseli oraz Komisji Medycyny Sądowej przy Radzie Naukowej Ministerstwa Zdrowia. Należał do członków założycieli Polskiego Towarzystwa Medycyny Sądowej i Kryminalnej. Od 1949 do śmierci zasiadał w jego Zarządzie Głównym, pełnił także obowiązki sekretarza redakcji organu PTMSiK "Czasopisma Sądowo-Lekarskiego"[3]. Został pochowany na cmentarzu Srebrzysko w Gdańsku (rejon IX, kwatera profesorów, rząd 2)[4].
Grób prof. Stanisława Manczarskiego na Cmentarzu Srebrzysko
Działalność naukowa
W latach międzywojennych zajmował się głównie konsekwencjami uszkodzeń postrzałowych, ran kłutych, tężca, uduszenia oraz problematyką samobójstw. Po 1945 roku główne przedmioty jego zainteresowań to organizacja orzecznictwa sądowo-lekarskiego i ubezpieczeniowego, opracowywanie projektu nauczania medycyny sądowej w Polsce oraz analiza sądowo-lekarska przyczyn wypadków drogowych.
Uszkodzenia postrzałowe – broń palna, amunicja, identyfikacja broni palnej, ocena sądowo-lekarska (Warszawa, Wojskowy Instytut Naukowo-Oświatowy, 1938)
