W latach 1992–1996 był dyrektorem, a następnie współwłaścicielem polskiej filii niemieckiej agencji reklamowej E/B/D Interpartners[2]. W 1993 został członkiem rady nadzorczej Polskiego Radia[1]. Wspólnie z Markiem Nowakowskim założył agencję reklamową Callmedia[3].
W czerwcu 1998 objął stanowisko prezesa zarządu Telewizji Polskiej. Jego nazwisko pojawiło się w trakcie tzw. afery Rywina. Przyjęty przez Sejm raport sejmowej komisji śledczej (autorstwa Zbigniewa Ziobry) stwierdzał, że złożenie (w lipcu 2002) przez Lwa Rywina propozycji korupcyjnej przedstawicielom Agora S.A. miało pozostawać – jak wskazano w tym dokumencie – w ścisłym związku z zachowaniem osób z tzw. grupy trzymającej władzę, w skład której mieli wchodzić Robert Kwiatkowski, Aleksandra Jakubowska, Włodzimierz Czarzasty, Lech Nikolski oraz Leszek Miller[4]. W związku z tą sprawą Robertowi Kwiatkowskiemu nigdy nie przedstawiono żadnych zarzutów. W 2003 członkowie rady nadzorczej Telewizji Polskiej, Anna Popowicz i Andrzej Liberadzki, wystąpili o odwołanie Roberta Kwiatkowskiego z funkcji prezesa, wniosek ten nie został poparty, a Robert Kwiatkowski zajmował stanowisko do 17 lutego 2004. W 2005 opublikował własnym sumptem książkę Jaka piękna katastrofa. Wojna o ustawę medialną a afera Rywina.
Od 2009[5] do 2011[6] był prezesem zarządu przedsiębiorstwa Hawe.
Został również członkiem władz naczelnych Stowarzyszenia Ordynacka, skupiającego byłych działaczy ZSP[2]. W sprawach medialnych doradzał Grzegorzowi Napieralskiemu za czasów jego przewodnictwa w SLD. W 2012 związał się z Ruchem Palikota (został członkiem rady programowej think tanku tej partii[7], reprezentował ją również w mediach, nie należąc jednak do ugrupowania). W 2013 został wiceprzewodniczącym zarządu stowarzyszenia Europa Plus oraz członkiem zarządu powołanej w październiku tego samego roku partii Twój Ruch. Otwierał listę komitetu Europa Plus Twój Ruch w wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2014[8]; koalicja ta nie osiągnęła progu wyborczego. W styczniu 2015 odszedł z Twojego Ruchu[9].
