Wraz z bratem wychowywał się na Zamku Hohenschwangau, położonym w niemieckiej wiosce Hohenschwangau niedaleko Füssen, w południowo-zachodniej Bawarii. W latach 1853–1863 wakacje i ferie letnie spędzał w królewskiej willi ojca, w Berchtesgaden[1]. 27 kwietnia 1863 został promowany do stopnia porucznika, a 1 marca 1864 rozpoczął edukację wojskową w korpusie kadetów. 27 kwietnia 1866 roku awansowany do stopnia kapitana służył w królewsko-bawarskim regimencie piechoty.
Książę Otto reprezentował swojego brata Ludwika 18 stycznia 1871 roku na uroczystości koronacji króla PrusWilhelma Hohenzollerna na cesarza niemieckiego, sam Ludwik odmówił wzięcia udziału w uroczystości. Otto mocno skrytykował ceremonię w liście do brata.
Otto został królem Bawarii po śmierci brata w 1886 roku, jednak nigdy naprawdę nie rządził, a nawet nie do końca był świadomy, że jest królem. Podobnie jak brat, cierpiał na porfirię odziedziczoną po matce; był także chory psychicznie. Został oficjalnie uznany za niepoczytalnego w 1875 roku. Był trzymany w odosobnieniu i pod nadzorem lekarzy aż do swojej śmierci. Krajem rządził regent, którym był stryj Ottona i Ludwika Luitpold Bawarski, a następnie jego syn Ludwik (późniejszy król Ludwik III).
4 listopada 1913 roku konstytucja Bawarii została zmieniona – dodano klauzulę mówiącą, że gdyby regencja z powodu choroby lub nieumiejętności króla trwała przez dziesięć lat i nie byłoby żadnych szans, że król kiedykolwiek będzie zdolny panować – wtedy regent może ogłosić koniec regencji i sam się koronować. Już następnego dnia Otto został pozbawiony korony przez księcia regenta Ludwika. 6 listopada parlament bawarski uchwalił zmianę króla i Ludwikowi złożył przysięgę na konstytucję. Otto dostał natomiast pozwolenie na zachowanie swojego tytułu i wszystkich honorów z nim związanych do czasu śmierci.
↑Walter Flemmer, Stationen eines Märchenkönigs. Orte und Landschaften König Ludwigs II. In: Georg Jenal unter Mitarbeit von Stephanie Haarländer (Hrsg.): Gegenwart in Vergangenheit. Beiträge zur Kultur und Geschichte der Neueren und Neuesten Zeit. Festgabe für Friedrich Prinz zu seinem 65. Geburtstag, München 1993, s. 419.
Cajetan von Aretin, Die Erbschaft des Königs Otto von Bayern. Höfische Politik und Wittelsbacher Vermögensrechte 1916 bis 1922. Beck, München 2006, ISBN 3-406-10745-1 (Schriftenreihe zur bayerischen Landesgeschichte 149), (Zugleich: München, Univ., Diss., 2006).
Heinz Häfner, Ein König wird beseitigt. Ludwig II von Bayern. C. H. Beck Verlag, München 2008, ISBN 978-3-406-56888-6, s. 330ff.
Arndt Richter: Die Geisteskrankheit der bayerischen Könige Ludwig II. und Otto. Eine interdisziplinäre Studie mittels Genealogie, Genetik und Statistik. Degener & Co., Neustadt an der Aisch, 1997, ISBN 3-7686-5111-8.
Alfons Schweiggert, Schattenkönig. Otto, der Bruder König Ludwig II. von Bayern, ein Lebensbild. Ehrenwirth, München 1992, ISBN 3-431-03192-7.
Jean des Cars, Ludwik II Bawarski. Król rażony szaleństwem, PIW, Warszawa 1997, ISBN 83-06-026618-7.