Początkowo były to dobra szlacheckie, należące do Cystersów w Oliwie. W 1776 majątek ziemski został zakupiony przez króla pruskiego. Od 1779 istniał tu młyn. Nowe Szkoty były osadą rzemieślniczą, konkurencyjną wobec Gdańska. Później osiedle mieszkaniowe[2].
W 1892 na Nowych Szkotach został odkryty grób pochodzący z początku epoki brązu, sprzed około 4000 lat. Jest on prawdopodobnie najstarszym dotąd odnalezionym pochówkiem na tym terenie[3].