Pierwszym biskupem katedry był św. Augustyn z Canterbury, który wcześniej był opatem benedyktyńskiego klasztoru św. Andrzeja na Monte Celio w Rzymie[2][3]. Papież Grzegorz I w 597 wysłał go z misją do Anglo-Saksonii. Katedra była ufundowana przez Augustyna w 602 roku. Pierwotnie miała formę budowli w stylu romańskim.
W 1174 roku katedra została zniszczona w pożarze. Odbudowa trwała następne 8 lat, w których forma budowli ulegała stopniowej zmianie w gotycką.
Pierwsze wzmianki o katedrze można znaleźć w Kościelnej Historii AnglikówBedy Czcigodnego. Wykopaliska archeologiczne pod nawą kościoła w 1993 potwierdziły oryginalność fundamentów saksońskiej katedry, która leżała w pobliżu prastarej rzymskiej drogi. Św. Augustyn ufundował również poza murami miasta benedyktyńskie opactwo św. Piotra i Pawła, które było później miejscem jego pochówku i poświęcone jemu samemu.
W 1982 r. Jan Paweł II odwiedził katedrę w czasie wizyty w Wielkiej Brytanii[4].