Karierę piłkarską Gourvennec rozpoczął w klubie FC Lorient. W 1990 roku zadebiutował w nim w trzeciej lidze francuskiej. W 1991 roku przeszedł do pierwszoligowegoStade Rennais. 29 sierpnia 1991 zadebiutował w Ligue 1 w zremisowanym 1:1 domowym meczu z RC Lens. W 1992 roku spadł z Rennes do Ligue 2 i na tym poziomie rozgrywek grał jeszcze przez dwa lata. W 1994 roku wrócił z Rennes do Ligue 1.
Latem 1995 Gourvennec odszedł do FC Nantes. Przez 3 lata był podstawowym zawodnikiem tego klubu i wystąpił z nim między innymi w rozgrywkach Ligi Mistrzów. W 1998 roku przeszedł z Nantes do Olympique Marsylia, w którym grał przez sezon. W 1999 roku wystąpił z Olympique w przegranym 0:3 finale Pucharu UEFA z Parmą.
W 1999 roku Gourvennec został piłkarzem Montpellier HSC, a w trakcie sezonu 1999/2000 wrócił do Rennes. W Rennes grał do lata 2002, a następnie został piłkarzem Bastii. Po 2 sezonach gry w tym korsykańskim klubie odszedł do drugoligowego Angers SCO. W sezonie 2005/2006 grał w innym drugoligowcu, Clermont Foot, a karierę kończył w 2007 roku w amatorskim FC Rezé.
Po zakończeniu kariery piłkarskiej Gourvennec został trenerem. W latach 2008–2010 prowadził La Roche VF, a w maju 2010 został szkoleniowcem En Avant Guingamp i na tym stanowisku zastąpił Victora Zvunkę. Funkcję tę pełnił do maja 2016 kiedy to przeszedł do Girondins Bordeaux. Trenerem Żyrondystów był do stycznia 2018. W listopadzie tego samego roku ponownie został trenerem EA Guingamp.
5 lipca 2021 został mianowany nowym szkoleniowcem Lille OSC.