W latach 1980–1995 był w charakterze radcy duchownego członkiem Konsystorza Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w PRL i RP[1]. W czasie stanu wojennego wraz z żoną Barbarą Stahl organizował pomoc dla rodzin represjonowanych działaczy opozycji demokratycznej, a także pośredniczył w przekazywaniu leków i sprzętu medycznego do łódzkich szpitali. W 1985 przeszedł zawał serca, a następnie zachorował na nowotwór i zmuszony był na stałe osiąść w Warszawie, gdzie udzielał się w stołecznej parafii[2]. Był między innymi przewodniczącym Komisji Katechetycznej oraz Komisji Problemowej Synodu Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w RP. Od lipca 1992 ponownie administrował parafią w Łodzi, do której dojeżdżał z Warszawy. Od 1995 był członkiem Prezydium Synodu Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w RP jako notariusz. W latach 1994–1995 piastował funkcję redaktora naczelnegoJednoty. Publikował również artykuły na łamach Więzi, Tygodnika Powszechnego oraz Studiów i Dokumentów Ekumenicznych[1]. Był członkiem Komisji ds. Dialogu z Kościołem Rzymskokatolickim Polskiej Rady Ekumenicznej[2].
W 2009 pod redakcją Ewy Pokorskiej ukazała się publikacja zbiorowa pt. Zwykły niezwykły. Pamięci księdza Jerzego Stahla (Wydawnictwo Naukowe Semper;
ISBN 978-83-7507-068-2).