W latach 2000-2008 Jenna Fischer była żoną reżysera Jamesa Gunna, twórcy m.in. filmów z serii Strażnicy Galaktyki. Od 2010 roku jej mężem jest pisarz Lee Kirk, z którym ma dwójkę dzieci.
W grudniu 2023 roku u aktorki zdiagnozowano potrójnie dodatniego raka piersi w pierwszym stadium[1]. Fisher wyznała, że przeszła operację usunięcia guza, a następnie chemioterapię i radioterapię[2].