Diecezja została kanonicznie erygowana 10 września1880 roku przez papieża Leona XIII jako diecezja Kansas City. Wyodrębniono ją z archidiecezji Saint Louis. Pierwszym ordynariuszem został dotychczasowy biskup Saint JosephJohn Joseph Hogan. W chwili utworzenia należały do niej 42 kościoły, 30 księży, a populacja katolików wynosiła 12 tys. Podczas reorganizacji struktur kościelnych w Missouri (2 lipca1956) do diecezji włączono część likwidowanej diecezji Saint Joseph. Odtąd diecezja nosi nazwę Kansas City-Saint Joseph.