Muzeum składa się z dwóch głównych części: pracowni konserwatorskiej oraz magazynu studyjnego.
Pracownia konserwatorska
Pracownia konserwatorska. Na pierwszym planie zwiedzający na antresoli
Pracownia wyposażona jest w nowoczesny sprzęt i służy do prowadzenia prac konserwatorskich oraz rekonstrukcyjnych wydobytych elementów statków oraz innych obiektów. Na terenie pracowni znajdują się warsztaty: kowalsko-ślusarski i szkutniczo-stolarski, aparatura RTG wraz ze skanerem oraz spektrometr fluorescencji rentgenowskiej służący do badania składu elementów metalowych. Drewno wydobyte z wody przez archeologów konserwowane jest w systemie odpowiednich wanien, w których można je poddać kąpielom w specjalnych roztworach. Do oczyszczania przedmiotów metalowych znajdują się w pracowni czyszczarka strumieniowa i mikroczyszczarka. Do przemieszczania ciężkich elementów służy suwnica o udźwigu 5 ton oraz ruchome podesty[3].
Pracownia ma formę hali, bez ścian wewnętrznych. Dostępna dla zwiedzających antresola pozwala na oglądanie prac i poszczególnych etapów konserwacji lub rekonstrukcji[3]. Jest to unikatowe w Polsce rozwiązanie, które umożliwia odwiedzającym uczestnictwo w pracach konserwatorskich[4].
Ekspozycja w magazynie studyjnym
Magazyn studyjny
Magazyn studyjny służy do ekspozycji zgromadzonych zabytków dla zwiedzających. Wzdłuż jednej ze ścian, na podwieszanych konstrukcjach, zgromadzone są zabytkowe łodzie i ich ocalałe fragmenty z terenów Polski (najstarsze z V–VII wieku), łodzie z Afryki (pozyskane przez załogi polskich statków) oraz kolekcja kajaków z lat 30. do 50. XX wieku. Na podłodze wystawione są elementy wielkogabarytowe, jak stępka czy fragment burtyMiedziowca. Wystawę uzupełniają 3 historyczne jachty: Opty, Dal (na której Andrzej Bohomolec, Jerzy Świechowski i Jan Witkowski jako pierwsi polscy żeglarze przepłynęli Atlantyk) oraz „Kumka IV” – pionierska konstrukcja inż. Sołtyka, jeden z pierwszych jachtów spawanych[5].
W jednej z przestrzeni magazynu znajdują się przesuwne, częściowo przeszklone regały, przeznaczone do ekspozycji mniejszych przedmiotów (elementów wyposażenia statków, przykładowych ładunków)[5].
Kolekcja zabytkowych kajaków. Na pierwszym planie jacht Opty, za nim ster z wraku General Carleton
Zwiedzanie
Eksponaty opisane są po polsku i po angielsku[6]. Na ustawionych w przestrzeni dla zwiedzających interaktywnych panelach oraz przy pomocy aplikacji mobilnej można uzyskać więcej informacji o znalezionych przedmiotach[2].
Stanowiska interaktywne
Muzeum prowadzi dodatkową działalność edukacyjną (lekcje muzealne, zwiedzanie pracowni konserwatorskiej)[2][7], jest również dostępne dla osób na wózkach inwalidzkich. Istnieje także możliwość zorganizowanie zwiedzania dla osób niewidomych (z poznawaniem niektórych eksponatów przez dotyk)[6].
