Jedynym klubem w karierze Branko był NK Varteks. W zespole tym spędził 12 sezonów, rozegrał 263 mecze i zdobył 31 bramek. Po zakończeniu kariery pracował w tym klubie jako sekretarz, a potem rozpoczął karierę trenerską.
Kariera szkoleniowa
Przez cztery lata pracował w Varteksie Varaždin, później po jednym sezonie w Segeście Sisak i NK Rijeka, gdy w 1997 roku Miroslav Blažević, selekcjoner reprezentacji Chorwacji, zaproponował mu funkcję swojego asystenta. Na Mistrzostwach Świata 1998 Chorwaci zajęli trzecie miejsce.
Po przegranych barażach do Mundialu pod koniec 2001 roku z funkcji selekcjonera reprezentacji Iranu zrezygnował Blažević i na swoje miejsce rekomendował Ivankovicia. W styczniu 2002 roku Chorwat podpisał roczny kontrakt i mimo iż kilka miesięcy później doprowadził Irańczyków do zwycięstwa w azjatyckich igrzyskach olimpijskich, to został zdymisjonowany. Wrócił do łask w październiku 2003 i awansował z reprezentacją do Mistrzostw Świata 2006.
Od tamtego czasu znajdował się pod ciągłym ostrzałem miejscowych dziennikarzy, którzy zarzucali mu hołdowanie zbyt defensywnej taktyce i przywiązanie do uznanych, ale ponad 30-letnich zawodników. Po Mundialu Ivanković pożegnał się z reprezentacją, która z dorobkiem jednego punktu zajęła w grupie ostatnie miejsce.
awans do Mistrzostw Świata 2006 i start w tym turnieju (runda grupowa) oraz zwycięstwo w azjatyckich igrzyskach olimpijskich 2002 z reprezentacją Iranu