Arcybiskup Fijałkowski sprawował rządy krótko, ale w warunkach trudnych i niebezpiecznych. W Warszawie narastało napięcie polityczne, manifestacje rozbijane przez wojsko rosyjskie z ulic przeniosły się do kościołów. Śpiewano pieśni patriotyczne, odbywały się nabożeństwa za ojczyznę. Mimo wielokrotnych nacisków władz rosyjskich arcybiskup nigdy nie przeciwstawił się manifestacjom patriotycznym w kościołach, a po krwawym stłumieniu manifestacji (pięciu poległych i kilkunastu rannych) na placu Zamkowym 27 lutego 1861 w Warszawie przez wojsko rosyjskie złożył namiestnikowi carskiemu protest i przewodniczył uroczystościom pogrzebowym. Jako prymas Królestwa Polskiego (chociaż tytułu tego nie używał) uważany był za przywódcę narodu i symbolicznego interreksa[potrzebny przypis].
↑A.J. Nowowiejski, Płock : monografia historyczna / napisana podczas wojny wszechświatowej i wydrukowana w roku 1930, Płock [1931], s. 355.
↑G. Kalwarczyk, Przewodnik po parafiach i kościołach Archidiecezji warszawskiej. Tom 2. Parafie warszawskie, Oficyna Wydawniczo-Poligraficzna "Adam", Warszawa, 2015, ISBN 978-83-7821-118-1, s. 32.