Toruń (Thorn) ble grunnlagt av Den tyske orden på 1230-tallet. En teori er at byen er oppkalt etter korsfarerbyen Toron i kongeriket Jerusalem, mens andre peker tilbake på den lille landsbyen Toruń eller Toroń som fantes her før Den tyske ordens ankomst.
Fra 1466 kom byen under polsk overhøyhet, men i Polens deling i 1793 ble den underlagt Kongeriket Preussen. I Napoleonstiden ble byen lagt under Hertugdømmet Warszawa, men fra 1814 kom den igjen innunder Preussen. Den forble en del av Preussen og senere en del av det tyske rike frem til slutten av første verdenskrig, da den ble overført til den nyopprettede polske staten. Under andre verdenskrig ble Thorn igjen innlemmet i Tyskland, men etter krigens slutt ble den en del av Folkerepublikken Polen.
