Primera División 1998-99 var den 68. sesongen i spansk fotball siden ligaen ble innført. Sesongen ble innledet 29. august 1998 og avsluttet 20. juni 1999. Raúl González fra Real Madrid ble toppscorer med 25 ligamål. FC Barcelona vant sin 16. ligatittel denne sesongen.
K=kamper spilt, V= vunnet, U= uavgjort, T= tap, MF-MM= mål for-mål mot, P = Poeng