Gondry ville bli en kunstner eller oppfinner som ung, og gikk på kunstskole der han møtte en gjeng gutter som han startet musikkgruppen Oui-Oui med. Han regisserte deres musikkvideoer, og en av disse ble vist på MTV der sangeren Björk fikk se den. Hun ba Gondry regissere en av hennes første musikkvideoer og etter dette har han regissert et flertall andre liknende videoer for blant annet musikkgruppen Massive Attack samt flere reklamefilmer. Han har vært pioner på flere måter ved kamerabruk, og var med på å lage «bullet time»-teknikken som vi ser i filmer som The Matrix.
