Han var allerede berømt for sine arbeider med de persiske kileskriftene da han i 1851 ble sendt av Institut de France som leder for en stor vitenskapelig ekspedisjon til Mesopotamia og Media, som pågikk i tre år. Ekspedisjonen ble ledet av Fulgence Fresnel; også arkitekten Félix Thomas deltok. Oppert identifiserte nå Babylons ruiner definitivt som Babylon. I 1854 vendte de tilbake til Europa uten Fresnel; han hadde blitt igjen og døde i 1855 i Bagdad.
I tiden som fulgte Oppert sine funn og hypoteser i tobindsverket «Expédition Scientifique en Mésopotamie». I 1854 fikk han takket være sine vitenskapelige fortjenster fransk statsborgerskap. I 1855 ble han sendt til England for å vurdere British Museums samlinger fra Midtøsten. I 1856 vendte han tilbake til Frankrike, der han mottok Æreslegionens kors (i 1885 ble han offiser i æreslegionen).
I 1855 publiserte han «Écriture Anarienne», der han fremla sin teori at det språk som opprinnelig ble talt i Assyria var turansk (beslektet med tyrkisk og mongolsk), i stedet for arisk eller semittisk av opphav, og at det var dette folkets talere som hadde utviklet det kuneiforms skrivesystem. Selv om hans klassifisering av de «casdo-skytiske» inskripsjoner som turanske senere ble forkastet, skulle forskningen senere også bekrefte Oppert i hans identifikasjon av det distinkte sumeriske språk (som var det nye navn han gav det i 1869), og skriftspråkets opphav.
I 1856 publliserte han «Chronologie des Assyriens et des Babyloniens».
Også i høy alder var Oppert produktiv. Frem til 1902 offentliggjorde han ikke mindre enn 427 titler. De fleste var i franske tidsskrifter, men det var ogaså noen i tyske og engelske. Fra 1884 redigerte han med Eugène LedrainRevue d'assyriologie.
William Muss-Arnolt: «The Works of Jules Oppert». I: Beiträge zur Assyriologie und vergleichenden semitischen Sprachwissenschaft 2 (1894), S. 523-556. [1]
« L’Assyriologie au Collège de France : Jules Oppert (1825-1905)» dans A. Lefranc, Le Collège de France (1530-1930) : livre jubilaire composé à l’occasion de son quatrième centenaire, Paris : Presses universitaires de France, 1932.