Da faren døde i 1274 ble Johanna grevinne av Champagne og regjerende dronning av Navarra. Hennes mor enkedronning Blanka var hennes beskytter og fungerte som regent. Flera makter, både utenlandske og fra Navarra forsøkte å utnytte det faktum at hun var mindreårig og kvinne. Dette gjorde at hun og moren søkte beskyttelse ved hoffet hos Filip III av Frankrike.